RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706	ZSCAN26	Q16670	478 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CATSPERE	Q5SY80	951 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CABP7	Q86V35	215 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CXorf67	Q86X51	503 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SPPL2C	Q8IUH8	684 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ALPK1	Q96QP1	1244 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TSPAN18	Q96SJ8	248 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	MYOT	Q9UBF9	498 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ASH2L	Q9UBL3	628 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	USP25	Q9UHP3	1055 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM59L	Q9UK28	342 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RRP15	Q9Y3B9	282 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		6.56	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TMCO5B	A8MYB1	307 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	FOXP2	O15409	715 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RPS6KA5	O75582	802 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	STARD3NL	O95772	234 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	AGXT	P21549	392 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ZP2	Q05996	745 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAF1	Q13077	416 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	DOC2B	Q14184	412 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	GRM3	Q14832	879 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	KIR3DS1	Q14943	382 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CT83	Q5H943	113 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TOR2A	Q5JU69	321 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RINL	Q6ZS11	566 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SKAP1	Q86WV1	359 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SEC14L1	Q92503	715 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RUNDC1	Q96C34	613 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	BORCS6	Q96GS4	357 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ANO3	Q9BYT9	981 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TSPY26P	Q9H489	355 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	DDX20	Q9UHI6	824 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TRIM17	Q9Y577	477 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	GPR45	Q9Y5Y3	372 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SCN7A	Q01118	1682 aa		6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	KIAA0100	Q14667	2235 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CEP290	O15078	2479 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PRAMEF25	A6NGN4	478 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ADM5	C9JUS6	153 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CCP110	O43303	1012 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PPIP5K2	O43314	1243 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CAMTA2	O94983	1202 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SMC2	O95347	1197 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	LDHA	P00338	332 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	GLI4	P10075	376 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TM4SF4	P48230	202 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	MTNR1B	P49286	362 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SRSF2	Q01130	221 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ICA1	Q05084	483 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ADCY2	Q08462	1091 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	UGT8	Q16880	541 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	MSMP	Q1L6U9	139 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	KRBA2	Q6ZNG9	492 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ESPNL	Q6ZVH7	1005 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	DCP2	Q8IU60	420 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PHYKPL	Q8IUZ5	450 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	TRIM48	Q8IWZ4	208 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	EFCAB13	Q8IY85	973 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	MSL3	Q8N5Y2	521 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PDZD8	Q8NEN9	1154 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PJA1	Q8NG27	643 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC35G2	Q8TBE7	412 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	ERO1A	Q96HE7	468 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CSRNP2	Q9H175	543 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PRO3102	Q9H379	93 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	SEMA4A	Q9H3S1	761 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		6.54	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	NOTO	A8MTQ0	251 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	AP1G1	O43747	822 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	RAD17	O75943	681 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SMAD4-208	ENST00000589706	CLEC2L	P0C7M8	214 aa		6.53	□□□□□ -1.36

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.1 ms