RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	DSG1	Q02413	1049 aa		18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	KIAA0319	Q5VV43	1072 aa		18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ZFP42	Q96MM3	310 aa		18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	NACC1	Q96RE7	527 aa		18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	PRMT7	Q9NVM4	692 aa	Predicted RBP	18.68	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	POTEM	A6NI47	508 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	WNT7A	O00755	349 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	TEX28	O15482	410 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	MCM7	P33993	719 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	GRIK3	Q13003	919 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	CATSPER3	Q86XQ3	398 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ERMN	Q8TAM6	284 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	HDAC7	Q8WUI4	952 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	APOL6	Q9BWW8	343 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	NXF3	Q9H4D5	531 aa	Known RBP	18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	MAN1C1	Q9NR34	630 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	CHST7	Q9NS84	486 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	MIOS	Q9NXC5	875 aa		18.67	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	B4GALT5	O43286	388 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	GLUD1	P00367	558 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ASGR2	P07307	311 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ATP2B1	P20020	1258 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	RPA1	P27694	616 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	FOSB	P53539	338 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	CREM	Q03060	361 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	FAM187B	Q17R55	369 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	TAS1R1	Q7RTX1	841 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ZBTB8OS	Q8IWT0	167 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	GSTCD	Q8NEC7	633 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		18.66	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC195	A0A1B0GUA6	201 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	PAPLN	O95428	1278 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	NPTXR	O95502	500 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	PDGFB	P01127	241 aa	Predicted RBP	18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	MUT	P22033	750 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	AKAP5	P24588	427 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	USP41	Q3LFD5	358 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	STAM	Q92783	540 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	C8orf76	Q96K31	380 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	FZD8	Q9H461	694 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	PLEKHA4	Q9H4M7	779 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	FNIP2	Q9P278	1114 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		18.65	■□□□□ 0.58
CLN3-231	ENST00000568422		A0A087WWV3	80 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	MED24	O75448	989 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	ST3GAL1	Q11201	340 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	TDG	Q13569	410 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	FUT10	Q6P4F1	479 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	MAEA	Q7L5Y9	396 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	WDR6	Q9NNW5	1121 aa	Known RBP	18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	GPRC5C	Q9NQ84	441 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	IGSF9	Q9P2J2	1179 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	PARP2	Q9UGN5	583 aa		18.64	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	USP34	Q70CQ2	3546 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	N4BP3	O15049	544 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	GALR2	O43603	387 aa	Predicted RBP	18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	OR52Z1	P0C646	297 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	CYP11B2	P19099	503 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	TRAPPC10	P48553	1259 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	CLCN5	P51795	746 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	PPP2R5A	Q15172	486 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	MAPK6	Q16659	721 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	PHOX2B	Q99453	314 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	GPR62	Q9BZJ7	368 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	MFSD1	Q9H3U5	465 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	KLK14	Q9P0G3	267 aa		18.63	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422		F8W810	466 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	TADA2A	O75478	443 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	NAMPT	P43490	491 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	GUCY1B3	Q02153	619 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	TUSC3	Q13454	348 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	PRPF4B	Q13523	1007 aa	Known RBP	18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	PADI6	Q6TGC4	694 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	FEZF2	Q8TBJ5	459 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	ATOH1	Q92858	354 aa	Predicted RBP	18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	ADPGK	Q9BRR6	497 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	SMOC2	Q9H3U7	446 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	KCNK12	Q9HB15	430 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	ZDHHC7	Q9NXF8	308 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	DUSP12	Q9UNI6	340 aa		18.62	■□□□□ 0.57
CLN3-231	ENST00000568422	STK24	Q9Y6E0	443 aa		18.62	■□□□□ 0.57

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