RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481019.5

PTPRF-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 459 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC12A3	P55017	1021 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CDC42EP1	Q00587	391 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MAPK7	Q13164	816 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MXD4	Q14582	209 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	LONRF3	Q496Y0	759 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ARSH	Q5FYA8	562 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	UBXN11	Q5T124	520 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	C1orf186	Q6ZWK4	172 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC24A5	Q71RS6	500 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CATSPER4	Q7RTX7	472 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	LINC00301	Q8NCQ3	95 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CPB2	Q96IY4	423 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	AK8	Q96MA6	479 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	PIN4	Q9Y237	131 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	NLRC5	Q86WI3	1866 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SFI1	A8K8P3	1242 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	TSPAN1	O60635	241 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	PLA2G4B	P0C869	781 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	PLCG1	P19174	1290 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ERVK-21	P61565	698 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	KRT85	P78386	507 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	RAD51AP2	Q09MP3	1159 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF598	Q86UK7	904 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ECHDC2	Q86YB7	292 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MCPH1	Q8NEM0	835 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	GDPD5	Q8WTR4	605 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SYMPK	Q92797	1274 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	LPP	Q93052	612 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SCAND2P	Q9GZW5	306 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	C1orf112	Q9NSG2	853 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	AGPAT5	Q9NUQ2	364 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	STXBP5L	Q9Y2K9	1186 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	STK24	Q9Y6E0	443 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MRPL42	Q9Y6G3	142 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	UNC80	Q8N2C7	3258 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	HIP1R	O75146	1068 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SSB	P05455	408 aa	Known RBP eCLIP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MCM4	P33991	863 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	UBA7	P41226	1012 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	PHKA2	P46019	1235 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MCM6	Q14566	821 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CLLU1OS	Q5K130	101 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ODR4	Q5SWX8	454 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	LRRC55	Q6ZSA7	311 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	RNF169	Q8NCN4	708 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	EIF2A	Q9BY44	585 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM161A	Q9NX61	479 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	MORC2	Q9Y6X9	1032 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	XIRP2	A4UGR9	3374 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019		A0A0U1RQF3	1178 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	TBKBP1	A7MCY6	615 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	INO80B-WBP1	J3KQ70	363 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	FOSL2	P15408	326 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	POU5F1B	Q06416	359 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	TFDP1	Q14186	410 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	DHX8	Q14562	1220 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	STK38	Q15208	465 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	NFKBIB	Q15653	356 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	FIBCD1	Q8N539	461 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	KRI1	Q8N9T8	703 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	RAD54L	Q92698	747 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CASD1	Q96PB1	797 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	NFKBIZ	Q9BYH8	718 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	INO80B	Q9C086	356 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CCSER1	Q9C0I3	900 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CCDC113	Q9H0I3	377 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	CHST12	Q9NRB3	414 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	ATG2A	Q2TAZ0	1938 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-213	ENST00000481019	SPTLC2	O15270	562 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	STAG3L1	P0CL83	205 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	ARF4	P18085	180 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	TAS1R3	Q7RTX0	852 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM192	Q8IY95	271 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-213	ENST00000481019	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.4 ms