RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561436.1

HERC1-215, Transcript of HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase family member 1, human

TSL 4

Gene HERC1, Length 551 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HERC1-215	ENST00000561436	PTPN18	Q99952	460 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	PCDH18	Q9HCL0	1135 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	DLL4	Q9NR61	685 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	UCKL1	Q9NWZ5	548 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	H2AFY2	Q9P0M6	372 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ARHGAP28	Q9P2N2	729 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	RERE	Q9P2R6	1566 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	G3BP2	Q9UN86	482 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	INVS	Q9Y283	1065 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	MADD	Q8WXG6	1647 aa		4.93	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	E2F8	A0AVK6	867 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	MROH6	A6NGR9	719 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436		B8ZZF3	427 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	MAFG	O15525	162 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	MARCH6	O60337	910 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	PRKD3	O94806	890 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	FBXO21	O94952	628 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CFB	P00751	764 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CCND1	P24385	295 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	SDHA	P31040	664 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	NEK2	P51955	445 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	LRRC32	Q14392	662 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	TERF2	Q15554	542 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	TIGD7	Q6NT04	549 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	FRMD7	Q6ZUT3	714 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	C7orf31	Q8N865	590 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CLRN3	Q8NCR9	226 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CHMP4C	Q96CF2	233 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	MBD6	Q96DN6	1003 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	TEPSIN	Q96N21	525 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ACAP3	Q96P50	834 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ASPSCR1	Q9BZE9	553 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	TMEM168	Q9H0V1	697 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	KCND1	Q9NSA2	647 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	MRFAP1	Q9Y605	127 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		4.92	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	SHTN1	A0MZ66	631 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436		K7ESF4	209 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	KDM1A	O60341	852 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	KLHL18	O94889	574 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	KNG1	P01042	644 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ENO2	P09104	434 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	KLF1	Q13351	362 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	SMAD2	Q15796	467 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CCDC181	Q5TID7	509 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ESPNL	Q6ZVH7	1005 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	LIMS2	Q7Z4I7	341 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	PHYKPL	Q8IUZ5	450 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	CALML6	Q8TD86	181 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	LCOR	Q96JN0	433 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	GBP4	Q96PP9	640 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	AASDHPPT	Q9NRN7	309 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	BTBD7	Q9P203	1132 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	FTSJ1	Q9UET6	329 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ASB1	Q9Y576	335 aa		4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	HECW1	Q76N89	1606 aa		4.9	□□□□□ -1.62
HERC1-215	ENST00000561436	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	UBA6	A0AVT1	1052 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	DVL2	O14641	736 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TGM5	O43548	720 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MPIG6B	O95866	241 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ZNF888	P0CJ79	500 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MYBL2	P10244	700 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RRAD	P55042	308 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	IL13RA1	P78552	427 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ROM1	Q03395	351 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	NOLC1	Q14978	699 aa	Known RBP eCLIP	4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TTC38	Q5R3I4	469 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	FAM26F	Q5R3K3	315 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ASB15	Q8WXK1	588 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	FERMT2	Q96AC1	680 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	WRNIP1	Q96S55	665 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	AMN	Q9BXJ7	453 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ZDHHC5	Q9C0B5	715 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	HSPBP1	Q9NZL4	362 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RAPGEFL1	Q9UHV5	662 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	NCAN	O14594	1321 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KDM5C	P41229	1560 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		4.9	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PTPRK	Q15262	1439 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PRRG2	O14669	202 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	B4GALT4	O60513	344 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.5 ms