RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP2R5A	Q15172	486 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SRL	Q86TD4	932 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	BANK1	Q8NDB2	785 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CDK5RAP3	Q96JB5	506 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	AGPAT3	Q9NRZ7	376 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CALCOCO1	Q9P1Z2	691 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	AR	P10275	920 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PHLDB3	Q6NSJ2	640 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC30A10	Q6XR72	485 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	RASSF8	Q8NHQ8	419 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ISCU	Q9H1K1	167 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	BHMT2	Q9H2M3	363 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	METTL14	Q9HCE5	456 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC4C	Q9HCJ2	640 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	NLRC4	Q9NPP4	1024 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ZDHHC18	Q9NUE0	388 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	DNM3	Q9UQ16	869 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	NCKAP1L	P55160	1127 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CLDN10	P78369	228 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SIX1	Q15475	284 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	GJB7	Q6PEY0	223 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ZIM3	Q96PE6	472 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	RIT2	Q99578	217 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	STK33	Q9BYT3	514 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	VCPKMT	Q9H867	229 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ADAMTS1	Q9UHI8	967 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	NOCT	Q9UK39	431 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC66	A2RUB6	948 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912		G3V3G9	751 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF3C	O14782	793 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CETN3	O15182	167 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	RAD51C	O43502	376 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FMO5	P49326	533 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC7A5	Q01650	507 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP9	Q49MG5	647 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SPDYC	Q5MJ68	293 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PALB2	Q86YC2	1186 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ARL8A	Q96BM9	186 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	DYDC2	Q96IM9	177 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FEZ2	Q9UHY8	353 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	BUB1	O43683	1085 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CHRNB2	P17787	502 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	INPP5B	P32019	993 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	STAT2	P52630	851 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	GTF2B	Q00403	316 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ZC2HC1C	Q53FD0	456 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	METTL13	Q8N6R0	699 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FBXL18	Q96ME1	805 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ARMCX3	Q9UH62	379 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	COQ4	Q9Y3A0	265 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		9.56	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	NMT1	P30419	496 aa	Known RBP	9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CTTN	Q14247	550 aa	Known RBP	9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PLS1	Q14651	629 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ASIC2	Q16515	512 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	KDM7A	Q6ZMT4	941 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	MYPN	Q86TC9	1320 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	DDX1	Q92499	740 aa	Known RBP	9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ALS2CR12	Q96Q35	445 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP89	Q96ST8	783 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CRACR2A	Q9BSW2	395 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM253	P0C7T8	217 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	VCAM1	P19320	739 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SOX5	P35711	763 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PEX5	P50542	639 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	IRAK1	P51617	712 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	VGLL4	Q14135	290 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	EXOC3L4	Q17RC7	722 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	TSR1	Q2NL82	804 aa	Known RBP	9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CFAP221	Q4G0U5	840 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP55	Q53EZ4	464 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAAF5	Q86Y56	855 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	IL31RA	Q8NI17	732 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PBK	Q96KB5	322 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	MXRA8	Q9BRK3	442 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	JADE2	Q9NQC1	790 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC12A6	Q9UHW9	1150 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	AKR1B10	O60218	316 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FTCD	O95954	541 aa		9.55	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ICAM1	P05362	532 aa		9.55	□□□□□ -0.88

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