RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 FAM135AQ9P2D6 1515 aa35.02■■■■□ 3.2
CLN3-232ENST00000568443 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa35.01■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 MYO3AQ8NEV4 1616 aa35■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 PTPN23Q9H3S7 1636 aa35■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP34.99■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 FGD6Q6ZV73 1430 aa34.98■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP34.96■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 ABCC5O15440 1437 aa34.96■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP34.95■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 PZPP20742 1482 aa34.95■■■■□ 3.19
CLN3-232ENST00000568443 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa34.94■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 TNRQ92752 1358 aa34.93■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 DUOX2Q9NRD8 1548 aa34.92■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP34.92■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 SHANK2Q9UPX8 1470 aa34.91■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa34.91■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP34.91■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 A2ML1A8K2U0 1454 aa34.9■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP34.9■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 PKD2Q13563 968 aa34.9■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 DAPK1P53355 1430 aa34.89■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 KIF15Q9NS87 1388 aa34.89■■■■□ 3.18
CLN3-232ENST00000568443 PLA2R1Q13018 1463 aa34.88■■■■□ 3.17
CLN3-232ENST00000568443 CROCC2H7BZ55 1655 aa34.88■■■■□ 3.17
CLN3-232ENST00000568443 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP34.85■■■■□ 3.17
CLN3-232ENST00000568443 CHIC2Q9UKJ5 165 aa34.84■■■■□ 3.17
CLN3-232ENST00000568443 ABCC3O15438 1527 aa34.83■■■■□ 3.17
CLN3-232ENST00000568443 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP34.81■■■■□ 3.16
CLN3-232ENST00000568443 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP34.8■■■■□ 3.16
CLN3-232ENST00000568443 ERBINQ96RT1 1412 aa34.8■■■■□ 3.16
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa34.79■■■■□ 3.16
CLN3-232ENST00000568443 MROH1Q8NDA8 1641 aa34.78■■■■□ 3.16
CLN3-232ENST00000568443 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP34.76■■■■□ 3.16
CLN3-232ENST00000568443 NLRP1Q9C000 1473 aa34.76■■■■□ 3.15
CLN3-232ENST00000568443 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP34.75■■■■□ 3.15
CLN3-232ENST00000568443 LTBP4Q8N2S1 1624 aa34.73■■■■□ 3.15
CLN3-232ENST00000568443 CEP152O94986 1710 aa34.72■■■■□ 3.15
CLN3-232ENST00000568443 ANKLE2Q86XL3 938 aa34.69■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP34.69■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP34.68■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 KANK1Q14678 1352 aa34.68■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa34.68■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP34.68■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP34.68■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 UGGT1Q9NYU2 1555 aa34.68■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 ERVK-7P63135 1459 aa34.67■■■■□ 3.14
CLN3-232ENST00000568443 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa34.62■■■■□ 3.13
CLN3-232ENST00000568443 DEPDC5O75140 1603 aa34.62■■■■□ 3.13
CLN3-232ENST00000568443 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP34.61■■■■□ 3.13
CLN3-232ENST00000568443 ADGRL2O95490 1459 aa34.61■■■■□ 3.13
CLN3-232ENST00000568443 IQSEC2Q5JU85 1478 aa34.58■■■■□ 3.13
CLN3-232ENST00000568443 NEURL4Q96JN8 1562 aa34.56■■■■□ 3.12
CLN3-232ENST00000568443 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP34.55■■■■□ 3.12
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa34.51■■■■□ 3.12
CLN3-232ENST00000568443 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP34.5■■■■□ 3.11
CLN3-232ENST00000568443 MED14O60244 1454 aa34.49■■■■□ 3.11
CLN3-232ENST00000568443 LMTK2Q8IWU2 1503 aa34.49■■■■□ 3.11
CLN3-232ENST00000568443 VWDEQ8N2E2 1590 aa34.49■■■■□ 3.11
CLN3-232ENST00000568443 UBR1Q8IWV7 1749 aa34.46■■■■□ 3.11
CLN3-232ENST00000568443 STAG3Q9UJ98 1225 aa34.43■■■■□ 3.1
CLN3-232ENST00000568443 UBAP1LF5GYI3 381 aa34.42■■■■□ 3.1
CLN3-232ENST00000568443 ITGAEP38570 1179 aa34.41■■■■□ 3.1
CLN3-232ENST00000568443 ROCK1Q13464 1354 aa34.39■■■■□ 3.1
CLN3-232ENST00000568443 IQGAP1P46940 1657 aa34.39■■■■□ 3.1
CLN3-232ENST00000568443 TXNDC2Q86VQ3 553 aa34.39■■■■□ 3.1
CLN3-232ENST00000568443 IDI1Q13907 227 aa34.38■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 CPS1P31327 1500 aa34.38■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 EFCAB6Q5THR3 1501 aa34.38■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 EID1Q9Y6B2 187 aa34.37■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 LTKP29376 864 aa34.36■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 PIK3C2BO00750 1634 aa34.36■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP34.35■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 SLIT1O75093 1534 aa34.34■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 ARHGAP23Q9P227 1491 aa34.33■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 NOS1P29475 1434 aa34.33■■■■□ 3.09
CLN3-232ENST00000568443 SLC52A1Q9NWF4 448 aa34.31■■■■□ 3.08
CLN3-232ENST00000568443 TMEM2Q9UHN6 1383 aa34.3■■■■□ 3.08
CLN3-232ENST00000568443 SYNMO15061 1565 aa34.3■■■■□ 3.08
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CLN3-232ENST00000568443 TET3O43151 1660 aa34.25■■■■□ 3.07
CLN3-232ENST00000568443 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP34.25■■■■□ 3.07
CLN3-232ENST00000568443 UNC13BO14795 1591 aa34.25■■■■□ 3.07
CLN3-232ENST00000568443 TOM1O60784 492 aa34.23■■■■□ 3.07
CLN3-232ENST00000568443 GCC2Q8IWJ2 1684 aa34.19■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP34.19■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 NUP155O75694 1391 aa34.19■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 ADGRB3O60242 1522 aa34.18■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 PIP4K2BP78356 416 aa34.17■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 STRCP1A6NGW2 1772 aa34.16■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP34.15■■■■□ 3.06
CLN3-232ENST00000568443 IQGAP3Q86VI3 1631 aa34.13■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 LRRC7Q96NW7 1537 aa34.13■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 E9PCH4 1651 aa34.1■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 BCANQ96GW7 911 aa34.1■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 HDGFP51858 240 aaKnown RBP34.09■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 CHGAP10645 457 aaKnown RBP34.08■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 SLC26A8Q96RN1 970 aa34.08■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 DISP3Q9P2K9 1392 aa34.08■■■■□ 3.05
CLN3-232ENST00000568443 MYO5BQ9ULV0 1848 aa34.03■■■■□ 3.04
CLN3-232ENST00000568443 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP34.03■■■■□ 3.04
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