RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	TFDP1	Q14186	410 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	PTGIS	Q16647	500 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	ARSH	Q5FYA8	562 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	HERC4	Q5GLZ8	1057 aa	Predicted RBP	13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	STXBP4	Q6ZWJ1	553 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	LRRC71	Q8N4P6	559 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	MYCT1	Q8N699	235 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	ERCC4	Q92889	916 aa	Predicted RBP	13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM143	Q96AN5	459 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	C11orf49	Q9H6J7	331 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	C17orf75	Q9HAS0	396 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	KIAA1468	Q9P260	1216 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	SEL1L	Q9UBV2	794 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	PCDHA5	Q9Y5H7	936 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		13.16	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	TREH	O43280	583 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	RSPH10B	P0C881	870 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	MXD4	Q14582	209 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	KCNB1	Q14721	858 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	KMT5B	Q4FZB7	885 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	ODR4	Q5SWX8	454 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	NECAB2	Q7Z6G3	386 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	FAM178B	Q8IXR5	827 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	SLC17A8	Q8NDX2	589 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	DEPTOR	Q8TB45	409 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJC19	Q96DA6	116 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	GPRC5C	Q9NQ84	441 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	XPNPEP1	Q9NQW7	623 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	CENPF	P49454	3210 aa		13.15	□□□□□ -0.3
DDB1-223	ENST00000543658	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC169	A6NNP5	214 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658		H0YCG3	227 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658		K7ENM7	598 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	BIN1	O00499	593 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ASAP2	O43150	1006 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	KIF20A	O95235	890 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PLS3	P13797	630 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ABCD1	P33897	745 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PEX3	P56589	373 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	CDC42EP1	Q00587	391 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PSMD2	Q13200	908 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	STIM1	Q13586	685 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	FAM26F	Q5R3K3	315 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	SFR1	Q86XK3	245 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	RHPN2	Q8IUC4	686 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB8OS	Q8IWT0	167 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	TRIML1	Q8N9V2	468 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	DIS3L	Q8TF46	1054 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	CEP89	Q96ST8	783 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	GZF1	Q9H116	711 aa	Predicted RBP	13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	MRPL44	Q9H9J2	332 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	KMT5A	Q9NQR1	393 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		13.14	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	SYCE3	A1L190	88 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	SFI1	A8K8P3	1242 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	RHOBTB3	O94955	611 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	GCNT3	O95395	438 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	HOXC8	P31273	242 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	NAMPT	P43490	491 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	SOX10	P56693	466 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	RTP1	P59025	263 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF200	P98182	395 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PTK7	Q13308	1070 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	SLC39A5	Q6ZMH5	540 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	NLRP7	Q8WX94	980 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	NLRP4	Q96MN2	994 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	POLD4	Q9HCU8	107 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	TBC1D7	Q9P0N9	293 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	DACH1	Q9UI36	760 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	MAN1B1	Q9UKM7	699 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	GRIN2D	O15399	1336 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		13.13	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	FRMD3	A2A2Y4	597 aa		13.12	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	KLRC4	O43908	158 aa		13.12	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PQBP1	O60828	265 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	VTN	P04004	478 aa		13.12	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC192	P0DO97	292 aa		13.12	□□□□□ -0.31

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