RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	CENPP	Q6IPU0	288 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RUNDC3B	Q96NL0	473 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TSC22D3	Q99576	134 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IQCG	Q9H095	443 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	VCX	Q9H320	206 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SLITRK6	Q9H5Y7	841 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GDF3	Q9NR23	364 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KDM3A	Q9Y4C1	1321 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CACNA1F	O60840	1977 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	POTEF	A5A3E0	1075 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TRAPPC3	O43617	180 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LUC7L3	O95232	432 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	POTEI	P0CG38	1075 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	POTEJ	P0CG39	1038 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	HSPA9	P38646	679 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CDK17	Q00537	523 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	AGBL2	Q5U5Z8	902 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RASIP1	Q5U651	963 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	POTEG	Q6S5H5	508 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SFR1	Q86XK3	245 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PROM2	Q8N271	834 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	P3H4	Q92791	437 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	METTL14	Q9HCE5	456 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L15	C9J2P7	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L11	C9JVI0	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L18	D6R9N7	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L22	D6RA61	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L19	D6RCP7	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L20	D6RJB6	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DNM1L	O00429	736 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	UBOX5	O94941	541 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ATP6V1G2	O95670	118 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BCR	P11274	1271 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RAD23B	P54727	409 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ITIH3	Q06033	890 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L24	Q0WX57	530 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PLCB4	Q15147	1175 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	C10orf76	Q5T2E6	689 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FBXO25	Q8TCJ0	367 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CCHCR1	Q8TD31	782 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC127	Q96BQ5	260 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	OSBPL1A	Q9BXW6	950 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	EDEM3	Q9BZQ6	932 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BHMT2	Q9H2M3	363 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DNAJC12	Q9UKB3	198 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SATB1	Q01826	763 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SGO2	Q562F6	1265 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MEI1	Q5TIA1	1274 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PCIF1	Q9H4Z3	704 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NAGPA	Q9UK23	515 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ADAMTS3	O15072	1205 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	HLA-DOA	P06340	250 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MSH2	P43246	934 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BTD	P43251	543 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IFI35	P80217	286 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GRM4	Q14833	912 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FYB2	Q5VWT5	728 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SLF2	Q8IX21	1173 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	EPS8L3	Q8TE67	593 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	STXBP3	O00186	592 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ATP2A1	O14983	1001 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ECEL1	O95672	775 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BAG2	O95816	211 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ATP2A2	P16615	1042 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FLT3	P36888	993 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ACCSL	Q4AC99	568 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ANKRD20A3	Q5VUR7	823 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SMIM5	Q71RC9	77 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LONP2	Q86WA8	852 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GBP5	Q96PP8	586 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MYH10	P35580	1976 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	C3	P01024	1663 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CFAP73	A6NFT4	308 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ORC4	O43929	436 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM49	P0CI25	452 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM49C	P0CI26	452 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IL9R	Q01113	521 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DRAP1	Q14919	205 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5

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