RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000559257.5

USP3-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 5

Gene USP3, Length 2,217 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-211ENST00000559257 PPP2R2AP63151 447 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PFKPQ01813 784 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8FQ08AF8 430 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8DPQ0D2H9 430 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 HLTFQ14527 1009 aaKnown RBP eCLIP9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GPR162Q16538 588 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 INSCQ1MX18 579 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 OTUD7BQ6GQQ9 843 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PCGF5Q86SE9 256 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 SLC51BQ86UW2 128 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ATL1Q8WXF7 558 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MAML1Q92585 1016 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ZNF75CPQ92670 426 aaPredicted RBP9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 NEUROD6Q96NK8 337 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 AIFM2Q9BRQ8 373 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 NUF2Q9BZD4 464 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 UNKQ9C0B0 810 aaKnown RBP9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GLT8D2Q9H1C3 349 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 KLHL42Q9P2K6 505 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MYH15Q9Y2K3 1946 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa9.13□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PIK3CDO00329 1044 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MAGEB3O15480 346 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ZMYND10O75800 440 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 LYNP07948 512 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ATP1A3P13637 1013 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CCNB1P14635 433 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MYL6BP14649 208 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CTRB1P17538 263 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PIK3CAP42336 1068 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 DHX9Q08211 1270 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 RASGRF1Q13972 1273 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PCSK7Q16549 785 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CTRB2Q6GPI1 263 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 RAD9BQ6WBX8 426 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 FERMT3Q86UX7 667 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 TMEM151BQ8IW70 566 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ST13P4Q8IZP2 240 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 FBXO41Q8TF61 875 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CDHR1Q96JP9 859 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PBKQ96KB5 322 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 IER2Q9BTL4 223 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 TM6SF1Q9BZW5 370 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PDGFDQ9GZP0 370 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PLCB1Q9NQ66 1216 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CNGB3Q9NQW8 809 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 NDFIP2Q9NV92 336 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 NMRK1Q9NWW6 199 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MOCS1Q9NZB8 636 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 SCAF8Q9UPN6 1271 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 SNX14Q9Y5W7 946 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 TLL2Q9Y6L7 1015 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ABCC6O95255 1503 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ARPC4-TTLL3A0A0A6YYG9 625 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 H0YC42 278 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ARHGAP33O14559 1287 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PIM1P11309 404 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GLULP15104 373 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PLCG2P16885 1265 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MZF1P28698 734 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ETFBP38117 255 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 VAV2P52735 878 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 TPD52P55327 224 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PLCB3Q01970 1234 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 RESTQ13127 1097 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 FAM133BQ5BKY9 247 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ERMARDQ5T6L9 678 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ZNF746Q6NUN9 644 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 FAM173BQ6P4H8 233 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 FMR1NBQ8N0W7 255 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GALNT6Q8NCL4 622 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 BRSK1Q8TDC3 778 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 OTUD7AQ8TE49 926 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 DGCR14Q96DF8 476 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CCDC43Q96MW1 224 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CCDC177Q9NQR7 707 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 INTS13Q9NVM9 706 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GID8Q9NWU2 228 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 SAMD15Q9P1V8 674 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 TMA7Q9Y2S6 64 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 DYNC1LI1Q9Y6G9 523 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 SCINQ9Y6U3 715 aa9.12□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CASZ1Q86V15 1759 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ANO9A1A5B4 782 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 SOWAHDA6NJG2 315 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 UBOX5O94941 541 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 FKBP9O95302 570 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 LARGE1O95461 756 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PRLRP16471 622 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 DDX5P17844 614 aaKnown RBP9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 GNA11P29992 359 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PHBP35232 272 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 PDE1AP54750 535 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 MTF1Q14872 753 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 CYTH1Q15438 398 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 NEUROD2Q15784 382 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ZCWPW2Q504Y3 356 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 LMOD2Q6P5Q4 547 aa9.11□□□□□ -0.95
USP3-211ENST00000559257 ZFPM2Q8WW38 1151 aa9.11□□□□□ -0.95
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26.7 ms