RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	NLRP12	P59046	1061 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	RAC1	P63000	192 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF543	Q08ER8	600 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	RSPO4	Q2I0M5	234 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TTC38	Q5R3I4	469 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GPATCH4	Q5T3I0	446 aa	Known RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	KRBA2	Q6ZNG9	492 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP30	Q7Z6I6	1101 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM102	Q8N9M5	508 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIML1	Q8N9V2	468 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	FBF1	Q8TES7	1133 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	NXPE3	Q969Y0	559 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	MTFR1L	Q9H019	292 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CABP5	Q9NP86	173 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	VTI1B	Q9UEU0	232 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNH3	Q9ULD8	1083 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	STX8	Q9UNK0	236 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	COL4A5	P29400	1685 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247		F8W031	263 aa	Predicted RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	IKBKB	O14920	756 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	AP5Z1	O43299	807 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SORBS3	O60504	671 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ADCY5	O95622	1261 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TPM3	P06753	285 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SELP	P16109	830 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PTPRA	P18433	802 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GNA11	P29992	359 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GNA15	P30679	374 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	NLRP5	P59047	1200 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PICALM	Q13492	652 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SETDB1	Q15047	1291 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CFAP100	Q494V2	611 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CEP57L1	Q8IYX8	460 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GALNT11	Q8NCW6	608 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF4	Q8WV16	495 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM44	Q96DX7	344 aa	Predicted RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CLIC6	Q96NY7	704 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SDF4	Q9BRK5	362 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ADAM19	Q9H013	955 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	NAT10	Q9H0A0	1025 aa	Known RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	IGSF5	Q9NSI5	407 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PIM2	Q9P1W9	311 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	HOOK1	Q9UJC3	728 aa	Known RBP	6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PPME1	Q9Y570	386 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SCN9A	Q15858	1988 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PSME4	Q14997	1843 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF500	O60304	480 aa	Predicted RBP	6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SLFN14	P0C7P3	912 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ELN	P15502	786 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GRIN1	Q05586	938 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	NCAPH	Q15003	741 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	LONRF3	Q496Y0	759 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	HGSNAT	Q68CP4	663 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	C11orf57	Q6ZUT1	292 aa	Predicted RBP	6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM83A	Q86UY5	434 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	LUZP1	Q86V48	1076 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	FBXO11	Q86XK2	927 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	ASAP3	Q8TDY4	903 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM151A	Q8WW52	585 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC34	Q96HJ3	373 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	AK8	Q96MA6	479 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	TCF12	Q99081	682 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	CSRNP2	Q9H175	543 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	C6orf50	Q9HD87	102 aa		6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	RRAGD	Q9NQL2	400 aa	Predicted RBP	6.28	□□□□□ -1.4
ATG4A-208	ENST00000489247	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		6.28	□□□□□ -1.4

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