RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 KIAA0319LQ8IZA0 1049 aa24.43■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 NME8Q8N427 588 aa24.43■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 ZNF689Q96CS4 500 aaPredicted RBP24.43■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 TMX1Q9H3N1 280 aa24.43■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 GABBR1Q9UBS5 961 aa24.43■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 SAMM50Q9Y512 469 aa24.43■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 GRM6O15303 877 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 EDIL3O43854 480 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 PSAPP07602 524 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 CIITAP33076 1130 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 GATMP50440 423 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 NLRP5P59047 1200 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 STK3Q13188 491 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 EP400NLQ6ZTU2 488 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 TMEM40Q8WWA1 233 aa24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 NOC2LQ9Y3T9 749 aaKnown RBP24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 MAFBQ9Y5Q3 323 aaPredicted RBP24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 FNDC1Q4ZHG4 1894 aaPredicted RBP24.42■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 C22orf31O95567 290 aa24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 SSRP1Q08945 709 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 NPAS4Q8IUM7 802 aa24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 SMAP1Q8IYB5 467 aaPredicted RBP24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 TRIM22Q8IYM9 498 aa24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 BBXQ8WY36 941 aaPredicted RBP24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 GJA10Q969M2 543 aa24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 C11orf84Q9BUA3 381 aaPredicted RBP24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 NSUN3Q9H649 340 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 PCDHA10Q9Y5I2 948 aa24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 MRPL42Q9Y6G3 142 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 C5orf67F2Z3F1 127 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 H3BQ06 376 aaPredicted RBP24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 CPLX1O14810 134 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 MSH4O15457 936 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 CHMP2AO43633 222 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 RPS6KA5O75582 802 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 KIZQ2M2Z5 673 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 LEXMQ3ZCV2 418 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 METTL13Q8N6R0 699 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 CLP1Q92989 425 aaKnown RBP24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 AIFM3Q96NN9 605 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 ERVK-5Q9HDB9 667 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 SH3GLB2Q9NR46 395 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 RWDD3Q9Y3V2 267 aa24.4■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 PLXNA4Q9HCM2 1894 aa24.39■■□□□ 1.5
USP40-215ENST00000484528 MGEA5O60502 916 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 VTNP04004 478 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 RB1P06400 928 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 NEFLP07196 543 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CRIPAKQ8N1N5 446 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 GADD45GIP1Q8TAE8 222 aaPredicted RBP24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 TBCKQ8TEA7 893 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 OSMRQ99650 979 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 LRFN2Q9ULH4 789 aa24.39■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 WDR64B1ANS9 1081 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 EPB41L2O43491 1005 aaKnown RBP24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 STAG3L1P0CL83 205 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 IL9P15248 144 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CLCN3P51790 818 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CMTR2Q8IYT2 770 aaKnown RBP24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 ALG13Q9NP73 1137 aaKnown RBP24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 DISC1Q9NRI5 854 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 RAPGEFL1Q9UHV5 662 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 PCDHA4Q9UN74 947 aa24.38■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 ZNF862O60290 1169 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 GAS7O60861 476 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 DEXIO95424 95 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 COL9A1P20849 921 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 UGCGQ16739 394 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 PTCRAQ6ISU1 281 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 ZNF274Q96GC6 653 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 ADAM2Q99965 735 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 TM6SF1Q9BZW5 370 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CD320Q9NPF0 282 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 PDRG1Q9NUG6 133 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CLDND1Q9NY35 253 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 ST3GAL5Q9UNP4 418 aa24.37■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 DENND3A2RUS2 1198 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 DTNBO60941 627 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 TDP2O95551 362 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 SARSP49591 514 aaKnown RBP24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 USP11P51784 963 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 PRKCEQ02156 737 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 LRCH2Q5VUJ6 765 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 FAM228AQ86W67 206 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 LRRC71Q8N4P6 559 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 NEK9Q8TD19 979 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 SLC5A5Q92911 643 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 KHSRPQ92945 711 aaKnown RBP eCLIP24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 PABPC5Q96DU9 382 aaKnown RBP24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 FAM167AQ96KS9 214 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 TEKT3Q9BXF9 490 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 LMAN2LQ9H0V9 348 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 UNC45AQ9H3U1 944 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 EPHX3Q9H6B9 360 aa24.36■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 OATP04181 439 aa24.35■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CRYBB1P53674 252 aaPredicted RBP24.35■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 BLIDQ8IZY5 108 aa24.35■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 ZNF668Q96K58 619 aaPredicted RBP24.35■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 RIT2Q99578 217 aa24.35■■□□□ 1.49
USP40-215ENST00000484528 CEP131Q9UPN4 1083 aa24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.9 ms