RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481019.5

PTPRF-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 459 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-213	ENST00000481019	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CTTN	Q14247	550 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	EPHA7	Q15375	998 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	IL17A	Q16552	155 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019		Q7L0L9	218 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LRRC71	Q8N4P6	559 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TTC12	Q9H892	705 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ZBBX	A8MT70	800 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019		H3BQV1	296 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SLITRK3	O94933	977 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	GHR	P10912	638 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CLCN3	P51790	818 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RABGGTB	P53611	331 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NPEPPS	P55786	919 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PSMC5	P62195	406 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MRPS6	P82932	125 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CYP4A11	Q02928	519 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	DRP2	Q13474	957 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LPIN1	Q14693	890 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MTERF2	Q49AM1	385 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PLEKHG4	Q58EX7	1191 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SEPT9	Q9UHD8	586 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PCDHA12	Q9UN75	941 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CAND2	O75155	1236 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	VTN	P04004	478 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	P4HB	P07237	508 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PFKM	P08237	780 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	OR52Z1	P0C646	297 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MYOG	P15173	224 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SYT1	P21579	422 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TEC	P42680	631 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	QARS	P47897	775 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TRAPPC10	P48553	1259 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	DEFB103A	P81534	67 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	XKR3	Q5GH77	459 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LIN28B	Q6ZN17	250 aa	Known RBP eCLIP	13.72	□□□□□ -0.21	7e-8	■□□□□ 9.6
PTPRF-213	ENST00000481019	FERMT3	Q86UX7	667 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM167A	Q96KS9	214 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	HSD17B14	Q9BPX1	270 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LXN	Q9BS40	222 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	EIF4ENIF1	Q9NRA8	985 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NRBP2	Q9NSY0	501 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	YBX2	Q9Y2T7	364 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ARID2	Q68CP9	1835 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MED24	O75448	989 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ARHGEF15	O94989	841 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PTGDR	Q13258	359 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ECM1	Q16610	540 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	EFCAB12	Q6NXP0	572 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TPH2	Q8IWU9	490 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	METTL13	Q8N6R0	699 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM40	Q8WWA1	233 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PBX4	Q9BYU1	374 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TTYH1	Q9H313	450 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NOL7	Q9UMY1	257 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TRPV2	Q9Y5S1	764 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC4A7	Q9Y6M7	1214 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	PP2D1	A8MPX8	630 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	GPR32	O75388	356 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	CD52	P31358	61 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	REST	Q13127	1097 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	KIZ	Q2M2Z5	673 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM266	Q2M3C6	531 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	C4orf19	Q8IY42	314 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	LINC01599	Q8WXQ3	324 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	MTMR6	Q9Y217	621 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-213	ENST00000481019	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22

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