RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477970.1

PTPRF-212, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 3,321 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-212	ENST00000477970	CEP112	Q8N8E3	955 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	TSG101	Q99816	390 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	CDC23	Q9UJX2	597 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	PLA2G6	O60733	806 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	NDUFB10	O96000	172 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	KRT83	P78385	493 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	ATP2B2	Q01814	1243 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	TCP10	Q12799	353 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	ECM1	Q16610	540 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	AOC3	Q16853	763 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	KCNK18	Q7Z418	384 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM20A	Q96MK3	541 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	CEP63	Q96MT8	703 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC39A2	Q9NP94	309 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	RNF181	Q9P0P0	153 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-212	ENST00000477970	EIF3CL	B5ME19	914 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	KIF20A	O95235	890 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	BMP3	P12645	472 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	SPIRE1	Q08AE8	756 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	FBXO11	Q86XK2	927 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	EIF3C	Q99613	913 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	LZTFL1	Q9NQ48	299 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	SIK3	Q9Y2K2	1263 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	REXO2	Q9Y3B8	237 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CTAGE9	A4FU28	777 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CACNB3	P54284	484 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	COASY	Q13057	564 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	NOL12	Q9UGY1	213 aa	Known RBP eCLIP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	YDJC	A8MPS7	323 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PSMD14	O00487	310 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	GNA14	O95837	355 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CYLC1	P35663	651 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ARHGAP4	P98171	946 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	MYOCD	Q8IZQ8	938 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	GOLGA1	Q92805	767 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	TBC1D12	O60347	775 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	WHAMMP3	Q1A5X7	153 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	LENG9	Q96B70	501 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	GML	Q99445	158 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	NAPG	Q99747	312 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNHIT6	Q9NWK9	470 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L15	C9J2P7	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L11	C9JVI0	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L18	D6R9N7	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L22	D6RA61	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L19	D6RCP7	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L20	D6RJB6	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ZRANB2	O95218	330 aa	Known RBP eCLIP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L24	Q0WX57	530 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ERMN	Q8TAM6	284 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM151A	Q8WW52	585 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CHP1	Q99653	195 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	NDST4	Q9H3R1	872 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	POTEB2	H3BUK9	544 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	LCA5L	O95447	670 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	SPDYE6	P0CI01	402 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC12A3	P55017	1021 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF569	Q5MCW4	686 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PANK4	Q9NVE7	773 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PLA2G4B	P0C869	781 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	CLCN6	P51797	869 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM26F	Q5R3K3	315 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	PLAGL2	Q9UPG8	496 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM196B	A6NMK8	535 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	MARCH6	O60337	910 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	RPA1	P27694	616 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	HERVK_113	P62684	666 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	FKBP3	Q00688	224 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	AMPD2	Q01433	879 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-212	ENST00000477970	DYM	Q7RTS9	669 aa		13.56	□□□□□ -0.24

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