RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496567.5

C9orf3-222, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 5

Gene C9orf3, Length 1,575 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-222	ENST00000496567	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		33.54	■■■□□ 2.96
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		33.54	■■■□□ 2.96
C9orf3-222	ENST00000496567	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	33.54	■■■□□ 2.96
C9orf3-222	ENST00000496567	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		33.53	■■■□□ 2.96
C9orf3-222	ENST00000496567	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
C9orf3-222	ENST00000496567	FANCA	O15360	1455 aa		33.51	■■■□□ 2.96
C9orf3-222	ENST00000496567	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		33.49	■■■□□ 2.95
C9orf3-222	ENST00000496567	MIA2	Q96PC5	1412 aa		33.48	■■■□□ 2.95
C9orf3-222	ENST00000496567	NEO1	Q92859	1461 aa		33.47	■■■□□ 2.95
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	33.43	■■■□□ 2.94
C9orf3-222	ENST00000496567	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		33.43	■■■□□ 2.94
C9orf3-222	ENST00000496567	AKNA	Q7Z591	1439 aa		33.41	■■■□□ 2.94
C9orf3-222	ENST00000496567	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		33.36	■■■□□ 2.93
C9orf3-222	ENST00000496567	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		33.36	■■■□□ 2.93
C9orf3-222	ENST00000496567	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		33.35	■■■□□ 2.93
C9orf3-222	ENST00000496567	ADGRL1	O94910	1474 aa		33.34	■■■□□ 2.93
C9orf3-222	ENST00000496567	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		33.34	■■■□□ 2.93
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.33	■■■□□ 2.93
C9orf3-222	ENST00000496567	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		33.31	■■■□□ 2.92
C9orf3-222	ENST00000496567	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	33.31	■■■□□ 2.92
C9orf3-222	ENST00000496567	ABCC1	P33527	1531 aa		33.31	■■■□□ 2.92
C9orf3-222	ENST00000496567	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		33.29	■■■□□ 2.92
C9orf3-222	ENST00000496567	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	33.29	■■■□□ 2.92
C9orf3-222	ENST00000496567	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33.26	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		33.25	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	33.24	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	33.23	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	33.23	■■■□□ 2.91	5e-7	■■■■□ 24.2
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		33.22	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		33.21	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	MBD5	Q9P267	1494 aa		33.2	■■■□□ 2.91
C9orf3-222	ENST00000496567	KDM6B	O15054	1643 aa		33.19	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		33.18	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		33.18	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	33.18	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		33.17	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		33.16	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	RAPGEF3	O95398	923 aa		33.15	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		33.14	■■■□□ 2.9
C9orf3-222	ENST00000496567	RICTOR	Q6R327	1708 aa		33.13	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	AFAP1	Q8N556	730 aa		33.13	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	33.1	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		33.09	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	DAPK1	P53355	1430 aa		33.09	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	TSPY4	P0CV99	314 aa		33.09	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	TSPY10	P0CW01	314 aa		33.09	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	KDM5C	P41229	1560 aa		33.07	■■■□□ 2.89
C9orf3-222	ENST00000496567	ABCC5	O15440	1437 aa		33.07	■■■□□ 2.88
C9orf3-222	ENST00000496567	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	33.04	■■■□□ 2.88
C9orf3-222	ENST00000496567	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		33.04	■■■□□ 2.88
C9orf3-222	ENST00000496567	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		33.02	■■■□□ 2.88
C9orf3-222	ENST00000496567	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		33.01	■■■□□ 2.88
C9orf3-222	ENST00000496567	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		33	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	ITGAE	P38570	1179 aa		33	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		33	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		32.98	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	ATP7A	Q04656	1500 aa		32.95	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	32.95	■■■□□ 2.87
C9orf3-222	ENST00000496567	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		32.94	■■■□□ 2.86
C9orf3-222	ENST00000496567	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	32.94	■■■□□ 2.86
C9orf3-222	ENST00000496567	PTPRK	Q15262	1439 aa		32.93	■■■□□ 2.86
C9orf3-222	ENST00000496567	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		32.92	■■■□□ 2.86
C9orf3-222	ENST00000496567	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		32.92	■■■□□ 2.86
C9orf3-222	ENST00000496567	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		32.88	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	ADGRL2	O95490	1459 aa		32.87	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		32.87	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		32.86	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	ROCK1	Q13464	1354 aa		32.86	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	PLXNC1	O60486	1568 aa		32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	NCOA1	Q15788	1441 aa		32.84	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		32.84	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	ABCA6	Q8N139	1617 aa		32.83	■■■□□ 2.85
C9orf3-222	ENST00000496567	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		32.82	■■■□□ 2.84
C9orf3-222	ENST00000496567	ATP10A	O60312	1499 aa		32.8	■■■□□ 2.84
C9orf3-222	ENST00000496567	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		32.79	■■■□□ 2.84
C9orf3-222	ENST00000496567	KIF15	Q9NS87	1388 aa		32.78	■■■□□ 2.84
C9orf3-222	ENST00000496567	A2M	P01023	1474 aa		32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-222	ENST00000496567	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-222	ENST00000496567	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
C9orf3-222	ENST00000496567	RERE	Q9P2R6	1566 aa		32.72	■■■□□ 2.83
C9orf3-222	ENST00000496567	HFM1	A2PYH4	1435 aa		32.69	■■■□□ 2.82
C9orf3-222	ENST00000496567	NAIP	Q13075	1403 aa		32.66	■■■□□ 2.82
C9orf3-222	ENST00000496567	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		32.66	■■■□□ 2.82
C9orf3-222	ENST00000496567	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		32.64	■■■□□ 2.82
C9orf3-222	ENST00000496567	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		32.63	■■■□□ 2.81
C9orf3-222	ENST00000496567	AGL	P35573	1532 aa		32.62	■■■□□ 2.81
C9orf3-222	ENST00000496567	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
C9orf3-222	ENST00000496567	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-222	ENST00000496567	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		32.57	■■■□□ 2.8
C9orf3-222	ENST00000496567	KIF3B	O15066	747 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-222	ENST00000496567	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-222	ENST00000496567	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-222	ENST00000496567	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		32.55	■■■□□ 2.8
C9orf3-222	ENST00000496567	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	32.46	■■■□□ 2.79
C9orf3-222	ENST00000496567	GGT6	Q6P531	493 aa		32.46	■■■□□ 2.79
C9orf3-222	ENST00000496567	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	32.45	■■■□□ 2.79

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