RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000431283.1

PTPN4-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 630 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-204	ENST00000431283	EMP3	P54852	163 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPN4-204	ENST00000431283	MARVELD3	Q96A59	401 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPN4-204	ENST00000431283	PPP1R37	O75864	691 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPN4-204	ENST00000431283	TMC2	Q8TDI7	906 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPN4-204	ENST00000431283	HOXB3	P14651	431 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPN4-204	ENST00000431283	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PTPN4-204	ENST00000431283	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPN4-204	ENST00000431283	C2orf72	A6NCS6	295 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	PLSCR2	Q9NRY7	297 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	HOXB1	P14653	301 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	KIF3C	O14782	793 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	FAM205C	A6NFA0	338 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPN4-204	ENST00000431283	ERBB3	P21860	1342 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPN4-204	ENST00000431283	HS3ST6	Q96QI5	342 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPN4-204	ENST00000431283	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPN4-204	ENST00000431283	ARSI	Q5FYB1	569 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPN4-204	ENST00000431283	GPHN	Q9NQX3	736 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPN4-204	ENST00000431283	GPR153	Q6NV75	609 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPN4-204	ENST00000431283	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPN4-204	ENST00000431283	SLC34A2	O95436	690 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-204	ENST00000431283	FOXK1	P85037	733 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-204	ENST00000431283	PLPP6	Q8IY26	295 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-204	ENST00000431283	VARS2	Q5ST30	1063 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	PDE4A	P27815	886 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA4	Q9Y5G9	962 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	DSG2	Q14126	1118 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	POTEB3	A0JP26	581 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	POTEB	Q6S5H4	581 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	TBC1D12	O60347	775 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPN4-204	ENST00000431283	NUDT7	P0C024	238 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	CRISPLD2	Q9H0B8	497 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	PPP1R15B	Q5SWA1	713 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	PTCD2	Q8WV60	388 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPN4-204	ENST00000431283	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF687	Q8N1G0	1237 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	DDX27	Q96GQ7	796 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	LHX6	Q9UPM6	363 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	SPNS2	Q8IVW8	549 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	CFAP44	Q96MT7	982 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPN4-204	ENST00000431283	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPN4-204	ENST00000431283	OXER1	Q8TDS5	423 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPN4-204	ENST00000431283	MFSD10	Q14728	455 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPN4-204	ENST00000431283	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPN4-204	ENST00000431283	PBX2	P40425	430 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	MAP3K9	P80192	1104 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	MMRN1	Q13201	1228 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	KCNH8	Q96L42	1107 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPN4-204	ENST00000431283	LSM11	P83369	360 aa	Known RBP eCLIP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	EVI5	O60447	810 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	ARHGAP33	O14559	1287 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF454	Q8N9F8	522 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	PTGER2	P43116	358 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	WDR70	Q9NW82	654 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPN4-204	ENST00000431283	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	CAMK2B	Q13554	666 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	KCNK17	Q96T54	332 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	JPH4	Q96JJ6	628 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPN4-204	ENST00000431283	FOSB	P53539	338 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	DPYSL4	O14531	572 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	PSEN2	P49810	448 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	ZDHHC16	Q969W1	377 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	STAC3	Q96MF2	364 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	PTPRE	P23469	700 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	E2F4	Q16254	413 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	ADGRD1	Q6QNK2	874 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPN4-204	ENST00000431283	TK2	O00142	265 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPN4-204	ENST00000431283	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPN4-204	ENST00000431283	FBXW7	Q969H0	707 aa		13.05	□□□□□ -0.32
PTPN4-204	ENST00000431283	PHF14	O94880	888 aa		13.04	□□□□□ -0.32
PTPN4-204	ENST00000431283	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		13.04	□□□□□ -0.32
PTPN4-204	ENST00000431283	ADAM33	Q9BZ11	813 aa		13.02	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		13.02	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA10	Q9Y5H3	936 aa		13.02	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	13.01	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	EPAS1	Q99814	870 aa		13.01	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	PDIA6	Q15084	440 aa		12.98	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	DDX12P	Q92771	950 aa		12.98	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	VPS9D1	Q9Y2B5	631 aa		12.98	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	SLC4A5	Q9BY07	1137 aa		12.96	□□□□□ -0.33
PTPN4-204	ENST00000431283	HR	O43593	1189 aa		12.95	□□□□□ -0.34

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