RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563874.5

CLN3-210, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 3,081 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-210ENST00000563874 KCNJ18B7U540 433 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 ERLIN1O75477 346 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 UBXN1Q04323 297 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 PAK1Q13153 545 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 KCNJ12Q14500 433 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 IL17AQ16552 155 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 SLC4A8Q2Y0W8 1093 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 IQUBQ8NA54 791 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 HNRNPLLQ8WVV9 542 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 CCDC102AQ96A19 550 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 EXOC4Q96A65 974 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 HDAC6Q9UBN7 1215 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 TROAPQ12815 778 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 E2F4Q16254 413 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 CYP26C1Q6V0L0 522 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 ATP2C1P98194 919 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 CHRNDQ07001 517 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 TCP11X2Q5H9J9 407 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 TNFRSF25Q93038 417 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 MYH8P13535 1937 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 SEMA3EO15041 775 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 IGHMBP2P38935 993 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 USP5P45974 858 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 RCAN1P53805 252 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 CASP8Q14790 479 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 CT47A1Q5JQC4 288 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 SRBD1Q8N5C6 995 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 CCDC51Q96ER9 411 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 LIMA1Q9UHB6 759 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-210ENST00000563874 NLRP5P59047 1200 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 MUM1L1Q5H9M0 696 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 FAM47AQ5JRC9 791 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PDXDC2PQ6P474 469 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 IQCA1Q86XH1 822 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PLIN2Q99541 437 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 FEZ2Q9UHY8 353 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 MYO6Q9UM54 1294 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 MYH3P11055 1940 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 DCCP43146 1447 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 TIAM2Q8IVF5 1701 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ITIH6Q6UXX5 1313 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 POTEB2H3BUK9 544 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 TRIM66O15016 1216 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 SRGAP2O75044 1071 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PRCPP42785 496 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 RWDD2AQ9UIY3 292 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 REXO2Q9Y3B8 237 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 SLIT2O94813 1529 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 SHANK3Q9BYB0 1731 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 TTC26A0AVF1 554 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 TMTC3Q6ZXV5 915 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 GDAP1L1Q96MZ0 367 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 MTA3Q9BTC8 594 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 LRRC10BA6NIK2 292 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 LRRIQ3A6PVS8 624 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 EIF3JO75822 258 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 BMP15O95972 392 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 RPN1P04843 607 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ANKRD20A12PQ8NF67 263 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 RIOK1Q9BRS2 568 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 EPN1Q9Y6I3 576 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 MYH6P13533 1939 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ERVV-1B6SEH8 477 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 USP17L12C9JPN9 530 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 USP17L21D6R901 530 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 NDUFA10O95299 355 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 FECHP22830 423 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PMS1P54277 932 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PIP4K2BP78356 416 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 WHAMMP3Q1A5X7 153 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 FOXR1Q6PIV2 292 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 C10orf67Q8IYJ2 551 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 RASGRP4Q8TDF6 673 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 CAPZA3Q96KX2 299 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 TRIM34Q9BYJ4 488 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 CNTNAP5Q8WYK1 1306 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 STRCP1A6NGW2 1772 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 MYH2Q9UKX2 1941 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PP2D1A8MPX8 630 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 GTPBP6O43824 516 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ACTN2P35609 894 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 AMPD2Q01433 879 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 RASSF8Q8NHQ8 419 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 GOLGA5Q8TBA6 731 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ZMYND10O75800 440 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 IL6STP40189 918 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PPP2R5BQ15173 497 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 CCDC152Q4G0S7 254 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ZNF658Q5TYW1 1059 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 IRF2BP1Q8IU81 584 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 CTCFLQ8NI51 663 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 HINFPQ9BQA5 517 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 RBM28Q9NW13 759 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 BTG4Q9NY30 223 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ANAPC4Q9UJX5 808 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 PARP1P09874 1014 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 SPAG1Q07617 926 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 HSP90B2PQ58FF3 399 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 ATP1A1P05023 1023 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
CLN3-210ENST00000563874 STAT6P42226 847 aa14.86□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.8 ms