RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TNKS	O95271	1327 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1B0GTH6	734 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TC2N	Q8N9U0	490 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NAT10	Q9H0A0	1025 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC10B	A6NIK2	292 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM232	C9JQI7	657 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DDAH1	O94760	285 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PDE6B	P35913	854 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TGFB2	P61812	414 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC150	Q8NCX0	1101 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRN4CL	Q8ND94	238 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC15	Q8TF66	581 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	IFNK	Q9P0W0	207 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	XDH	P47989	1333 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KIFC2	Q96AC6	838 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NAPB	Q9H115	298 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	IL17RB	Q9NRM6	502 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC12A7	Q9Y666	1083 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM177B	A6PVY3	158 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R3G	B7ZBB8	358 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MYL5	Q02045	173 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NAA30	Q147X3	362 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	VPS33B	Q9H267	617 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNJ14	Q9UNX9	436 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PLIN4	Q96Q06	1357 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	EDIL3	O43854	480 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TNNT1	P13805	278 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GYG1	P46976	350 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	RTN1	Q16799	776 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	WASF1	Q92558	559 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	IFIT3	O14879	490 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	WTAP	Q15007	396 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP135	Q66GS9	1140 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MECOM	Q03112	1051 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TRDN	Q13061	729 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	POSTN	Q15063	836 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	C16orf45	Q96MC5	204 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PSMD1	Q99460	953 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CSRNP2	Q9H175	543 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FANCL	Q9NW38	375 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ERCC5	P28715	1186 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0G2JMZ2	1700 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CPLX1	O14810	134 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TUBB4A	P04350	444 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DHX8	Q14562	1220 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KMT5B	Q4FZB7	885 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	UTP14C	Q5TAP6	766 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	RLF	Q13129	1914 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FLT1	P17948	1338 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ZRANB2	O95218	330 aa	Known RBP eCLIP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SLFN14	P0C7P3	912 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PLCD1	P51178	756 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP4C	P60510	307 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		10.04	□□□□□ -0.8

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