RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	5.49	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	KLKP1	Q107X0	134 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	C1orf195	Q5TG92	126 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZRP5	223 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	LINC00308	Q8TCZ7	52 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	HSPG2	P98160	4391 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		5.48	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		5.48	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	5.47	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP29-1	A8MX34	341 aa	Predicted RBP	5.47	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	REG3G	Q6UW15	175 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	FAM104A	Q969W3	186 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	PANO1	I0J062	215 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	5.46	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	CDKN2A-AS1	Q9UH64	79 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	IGKV3D-7	A0A0C4DH55	119 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	JMJD7-PLA2G4B	H0Y9G9	81 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285		H7BZZ5	65 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	COX7B2	Q8TF08	81 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	LINC00846	Q9NV44	126 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	CCK	P06307	115 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	5.45	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	UBE2B	P63146	152 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	KIAA0087	Q14695	138 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	SPINK6	Q6UWN8	80 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	DMBT1	Q9UGM3	2413 aa	Predicted RBP	5.43	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	C20orf197	Q8N268	126 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	C10orf25	Q5T742	122 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WVE0	104 aa		5.42	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	FP248	Q71RG6	208 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		5.42	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	UBL5	Q9BZL1	73 aa		5.42	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	C14orf132	Q9NPU4	83 aa		5.42	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	ERC2-IT1	O76042	136 aa		5.41	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP10-4	P60372	401 aa	Predicted RBP	5.41	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	COX17	Q14061	63 aa		5.41	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PNN7	141 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	C1orf137	Q5JT78	98 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	DIRC1	Q969H9	104 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	LINC00167	Q96N53	147 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		5.4	□□□□□ -1.54
USP3-208	ENST00000558285	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	FLG2	Q5D862	2391 aa	Predicted RBP	5.39	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	TRBV7-6	A0A0J9YX20	115 aa		5.39	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	SOSTDC1	Q6X4U4	206 aa		5.39	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	BRK1	Q8WUW1	75 aa		5.39	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	TRAV23DV6	A0A075B6W5	121 aa		5.38	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285		H3BQ85	93 aa		5.38	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	5.38	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	PRR15	Q8IV56	129 aa		5.38	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		5.38	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	SRRM2	Q9UQ35	2752 aa	Known RBP	5.38	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	TMEM256-PLSCR3	K7ERE1	68 aa		5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	RBM3	P98179	157 aa	Known RBP	5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	IGLV7-43	P04211	117 aa		5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	CXCL6	P80162	114 aa		5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		5.37	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	PDE6G	P18545	87 aa		5.36	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	5.36	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	FAM168B	A1KXE4	195 aa		5.35	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285		F8WEM9	126 aa		5.35	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	PMAIP1	Q13794	54 aa		5.35	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	SMIM11B	Q8TCY0	68 aa		5.35	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	FAT1	Q14517	4588 aa		5.35	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	LINC00158	P58513	81 aa		5.34	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	CD164	Q04900	197 aa		5.34	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		5.34	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		5.34	□□□□□ -1.55
USP3-208	ENST00000558285	LOC110117498	A0A087WWA1	95 aa		5.34	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	NCR3	O14931	201 aa		5.34	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	LINC00337	Q8N6G1	96 aa		5.34	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		5.33	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2-28	A0A075B6P5	120 aa		5.33	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		5.33	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2D-28	P01615	120 aa		5.33	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		5.33	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	TRBV7-4	A0A0J9YYF1	115 aa		5.32	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285		H0Y9J4	135 aa		5.32	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	VPS13B	Q7Z7G8	4022 aa		5.31	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		5.31	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	ZNF861P	O60384	105 aa		5.31	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	UBE2A	P49459	152 aa		5.31	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285		A0A0U1RQV1	116 aa		5.31	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	5.29	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	RPL37AP8	A6NKH3	93 aa		5.28	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285		Q1T7F1	81 aa		5.28	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285		A0A0U1RRA0	63 aa		5.28	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285		M0R378	163 aa		5.28	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZQT0	140 aa		5.28	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	TMEM254	Q8TBM7	123 aa		5.28	□□□□□ -1.56

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