RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637107.1

CLN3-256, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,946 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-256	ENST00000637107	GAGE12H	A6NDE8	117 aa		11.58	□□□□□ -0.55
CLN3-256	ENST00000637107	CRP	P02741	224 aa		11.58	□□□□□ -0.55
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00337	Q8N6G1	96 aa		11.58	□□□□□ -0.55
CLN3-256	ENST00000637107		M0R2N4	97 aa		11.58	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	CXCL5	P42830	114 aa		11.58	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	ENHO	Q6UWT2	76 aa		11.58	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	DNAH2	Q9P225	4427 aa		11.57	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107		H3BT86	120 aa		11.54	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	11.54	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	PCP4	P48539	62 aa		11.54	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	11.54	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		11.54	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	NBDY	A0A0U1RRE5	68 aa		11.53	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	COX17	Q14061	63 aa		11.52	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107		Q6ZR54	194 aa		11.52	□□□□□ -0.56
CLN3-256	ENST00000637107	DNAH10OS	P0CZ25	163 aa		11.52	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	SPAG11B	Q08648	103 aa		11.52	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	UBE2W	Q96B02	151 aa		11.51	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	DNAH10	Q8IVF4	4471 aa		11.51	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		11.5	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	SMIM11B	Q8TCY0	68 aa		11.5	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	FRAS1	Q86XX4	4008 aa		11.5	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	11.5	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	LINC01556	Q5JQF7	62 aa		11.5	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	C6orf223	Q8N319	242 aa		11.5	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	TRAC	P01848	142 aa		11.49	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		11.49	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		11.48	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	SIGMAR1	Q99720	223 aa		11.48	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	C10orf25	Q5T742	122 aa		11.48	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	OR13C6P	Q8NH95	151 aa		11.48	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	CDIP1	Q9H305	208 aa		11.48	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	TEX49	A0A1B0GTD5	131 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	TTC32	Q5I0X7	151 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CLN3-256	ENST00000637107	NDUFC2	O95298	119 aa		11.46	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP26-1	Q6PEX3	210 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	SVIP	Q8NHG7	77 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107		H0YGX0	51 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	C1orf134	Q5TEV5	83 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		11.42	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	GVQW2	A0A096LPI5	108 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107		A0A087WYN8	130 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	RTL8C	O15255	209 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107		Q8NDZ9	215 aa		11.4	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107		Q9HAA7	133 aa		11.4	□□□□□ -0.58
CLN3-256	ENST00000637107	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	NCR3	O14931	201 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM126A	Q9H061	195 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	C22orf24	Q9Y442	160 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF561-AS1	K7EIQ3	104 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	XG	P55808	180 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107		Q6ZRN7	208 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	C1orf43	Q9BWL3	253 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	C15orf56	Q8N910	161 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	DNAL4	O96015	105 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	CAMK2N2	Q96S95	79 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	LECT2	O14960	151 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	MT-ATP8	P03928	68 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	SCGB1A1	P11684	91 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-256	ENST00000637107	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	C2orf48	Q96LS8	159 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	TNP2	Q05952	138 aa		11.32	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		11.32	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107		Q6ZRU5	148 aa		11.31	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	PKD1	P98161	4303 aa		11.3	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		11.3	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107		A0A1B0GX51	115 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00336	Q6ZUF6	198 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	PSCA	O43653	123 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	SLPI	P03973	132 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	EPPK1	P58107	5090 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	C6orf99	Q4VX62	202 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00167	Q96N53	147 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107		F8WDY8	70 aa		11.27	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV6-57	P01721	117 aa		11.27	□□□□□ -0.6
CLN3-256	ENST00000637107		Q8N814	137 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	HECTD4	Q9Y4D8	3996 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	RMI2	Q96E14	147 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	PKHD1	P08F94	4074 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	INAFM2	P0DMQ5	153 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	SYCN	Q0VAF6	134 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	LRCOL1	A6NCL2	159 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	TRBV10-3	A0A0K0K1G6	114 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	ACYP1	P07311	99 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	VPREB1	P12018	145 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107		A0A087WTM6	91 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-256	ENST00000637107		A0A1B0GVY2	172 aa		11.22	□□□□□ -0.61

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