RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556725.1

SYNE2-222, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 3

Gene SYNE2, Length 672 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-222	ENST00000556725	COMMD7	Q86VX2	200 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CBLN2	Q8IUK8	224 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	ORMDL3	Q8N138	153 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CYSLTR1	Q9Y271	337 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	PRSS47	A8MTI9	375 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CXCL5	P42830	114 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	HERVK_113	P63121	156 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	ADIRF	Q15847	76 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	UQCC3	Q6UW78	93 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		Q8NBF4	154 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	COX7B2	Q8TF08	81 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	SPRR4	Q96PI1	79 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CFC1B	P0CG36	223 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	VPREB1	P12018	145 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		Q8NDZ9	215 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	HIGD2A	Q9BW72	106 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		C9JQL5	133 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SEC11A	P67812	179 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725		Q8N8P6	123 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	MAP1LC3A	Q9H492	121 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SPINK1	P00995	79 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	S100A8	P05109	93 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	NPS	P0C0P6	89 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PFN2	P35080	140 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PDZD11	Q5EBL8	140 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SPINK8	P0C7L1	97 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725		Q8N377	158 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	NAT8	Q9UHE5	227 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ORMDL2	Q53FV1	153 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TINCR	A0A1B0GVN0	87 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ADCYAP1	P18509	176 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PCOTH	Q58A44	107 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TOMM6	Q96B49	74 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TIMM17A	Q99595	171 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ATP5L	O75964	103 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PAPPA-AS1	Q5QFB9	102 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	C10orf91	Q5T1B1	145 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SEC11C	Q9BY50	192 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM218	A2RU14	115 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	SVBP	Q8N300	66 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725		K7EMI3	77 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725		M0R2T5	61 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	SNAPIN	O95295	136 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	MOBP	Q13875	183 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	PEA15	Q15121	130 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	ERAS	Q7Z444	233 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	CST9L	Q9H4G1	147 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	NXT2	Q9NPJ8	142 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	ERG28	Q9UKR5	140 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	SLC25A20	O43772	301 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	GAGE2A	Q6NT46	116 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	APOC3	P02656	99 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	RPS29	P62273	56 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00483	Q53H64	154 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	SSBP3-AS1	Q7Z2R9	100 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM19A2	Q8N3H0	131 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	ERC2-IT1	O76042	136 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	G0S2	P27469	103 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	COX17	Q14061	63 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	KIAA1644	Q3SXP7	199 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	C9orf92	A6NGG3	77 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP4-16	G5E9R7	235 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	SPRR1A	P35321	89 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	PMVK	Q15126	192 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725	RHEB	Q15382	184 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE2-222	ENST00000556725		A0A0U1RRA0	63 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725		H3BRM9	83 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	PRY	O14603	147 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	ETDC	A0A1B0GVM5	59 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00158	P58513	81 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	USH2A	O75445	5202 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	NCR3	O14931	201 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLC3	P0DOY3	106 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC01546	A6NGU7	62 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	NDUFA6	P56556	154 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725		Q9BRP9	147 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE2-222	ENST00000556725	SSPO	A2VEC9	5147 aa		4.62	□□□□□ -1.67

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