RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000490993.5

NPHP3-208, Transcript of nephrocystin 3, human

TSL 5

Gene NPHP3, Length 5,197 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP3-208	ENST00000490993	FLNA	P21333	2647 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993	C10orf25	Q5T742	122 aa		4.97	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		4.97	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		4.97	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		4.97	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993	UPK3B	Q9BT76	320 aa		4.96	□□□□□ -1.61
NPHP3-208	ENST00000490993		B5MCH6	92 aa		4.96	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	BOD1L1	Q8NFC6	3051 aa		4.96	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	EIF4EBP3	O60516	100 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	LINC01600	Q96MT4	127 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	FRY	Q5TBA9	3013 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	UQCRQ	O14949	82 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	SPATA3	Q8NHX4	192 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	LINC00588	Q9Y4M8	146 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	ITPR3	Q14573	2671 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	IGLV2-33	A0A075B6J2	118 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	RPL37AP8	A6NKH3	93 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	BPY2	O14599	106 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	IGLV6-57	P01721	117 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	REG3G	Q6UW15	175 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	JMJD1C	Q15652	2540 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	HIGD2A	Q9BW72	106 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	ELOF1	P60002	83 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993		K7EIL1	84 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	ADGRG4	Q8IZF6	3080 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	WDFY3	Q8IZQ1	3526 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	C7orf33	Q8WU49	177 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	LOC400499	M0QZD8	3231 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	C22orf24	Q9Y442	160 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	SERP2	Q8N6R1	65 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	LOC110117498	A0A087WWA1	95 aa		4.9	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	LINC00846	Q9NV44	126 aa		4.9	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	NDUFB1	O75438	58 aa		4.9	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	C15orf56	Q8N910	161 aa		4.9	□□□□□ -1.62
NPHP3-208	ENST00000490993	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	NBEA	Q8NFP9	2946 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	HECTD1	Q9ULT8	2610 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	COX7C	P15954	63 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	PRR4	Q16378	134 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		A0A1B0GW54	56 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	ATM	Q13315	3056 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		Q6ZRP5	223 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	CFAP46	Q8IYW2	2715 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	HRNR	Q86YZ3	2850 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	SPTSSB	Q8NFR3	76 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	LINC00167	Q96N53	147 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	DMD	P11532	3685 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	LRBA	P50851	2863 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		M0R2N4	97 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	HELZ2	Q9BYK8	2649 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	C1orf137	Q5JT78	98 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	BRK1	Q8WUW1	75 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	MDFI	Q99750	246 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	F8	P00451	2351 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	CXCL6	P80162	114 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	C16orf90	A8MZG2	172 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	C3orf84	H3BNL1	204 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		Q6ZQT0	140 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		Q6ZRX8	168 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		Q6ZVQ6	151 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	NBDY	A0A0U1RRE5	68 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	CCDC179	H3BU77	68 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	SCX	Q7RTU7	201 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	CENPE	Q02224	2701 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	FLNC	Q14315	2725 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	MP68	P56378	58 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		A0A0U1RQV1	116 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	BCE1	O60756	84 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	LY6G6C	O95867	125 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993		J3KT08	172 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	LINC00528	Q8N1L1	170 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	C1orf134	Q5TEV5	83 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NPHP3-208	ENST00000490993	UNC79	Q9P2D8	2635 aa		4.84	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		4.84	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		4.84	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	NDUFC1	O43677	76 aa		4.84	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	UBR5	O95071	2799 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	C20orf197	Q8N268	126 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993		A0A087WVE0	104 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	IGLV5-52	A0A0A0MRZ9	124 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	MUC3A	Q02505	3323 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	SERTAD4-AS1	Q5TG53	156 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993		Q9BRP9	147 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	TEX15	Q9BXT5	2789 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	ITPR1	Q14643	2758 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993		H0Y9J4	135 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NPHP3-208	ENST00000490993	APLN	Q9ULZ1	77 aa		4.81	□□□□□ -1.64

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 89.5 ms