RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 IGKV2-24A0A0C4DH68 120 aa11.59□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 SMKR1H3BMG3 65 aa11.59□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 NRACQ8N912 160 aa11.59□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 TRBV27A0A0K0K1C4 114 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 CCL25O15444 150 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 TSHBP01222 138 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 XCL1P47992 114 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 POLR2KP53803 58 aaKnown RBP11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 HSD52Q0P140 79 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 SS18Q15532 418 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 IFI27L1Q96BM0 104 aa11.58□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R17O96001 155 aa11.57□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 PRR3P79522 188 aaKnown RBP11.57□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 SMAGPQ0VAQ4 97 aa11.57□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 CDC42SE2Q9NRR3 84 aa11.57□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 A0A096LNI7 61 aa11.56□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 PRSS47A8MTI9 375 aa11.56□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 FCER1GP30273 86 aa11.56□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 IFI27P40305 119 aaPredicted RBP11.56□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 CD164L2Q6UWJ8 174 aa11.56□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 CARD19Q96LW7 228 aa11.56□□□□□ -0.56
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CLN3-241ENST00000635861 NPYP01303 97 aa11.55□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 BOD1L2Q8IYS8 172 aa11.55□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 H3BRM9 83 aa11.54□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 LINC01600Q96MT4 127 aa11.54□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 HIGD1BQ9P298 99 aa11.54□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 CSDC2Q9Y534 153 aaKnown RBP11.54□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 ZNF561-AS1K7EIQ3 104 aa11.53□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 K7ERU9 68 aa11.53□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 C20orf78Q9BR46 151 aa11.53□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 VCYO14598 125 aa11.52□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 SUMO2P61956 95 aaKnown RBP11.52□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 Q8N8P6 123 aa11.52□□□□□ -0.56
CLN3-241ENST00000635861 TAX1BP3O14907 124 aa11.52□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 RPL32P62910 135 aaKnown RBP11.52□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 SYCNQ0VAF6 134 aa11.52□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 LINC00173Q6ZV60 143 aa11.52□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 H0Y8G0 127 aa11.51□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 SPINK6Q6UWN8 80 aa11.51□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 LOC389332A0A1B0GUA5 103 aa11.5□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 TAL2Q16559 108 aa11.5□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 KIR2DL4Q99706 377 aa11.5□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 LRP2P98164 4655 aa11.49□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 REG3GQ6UW15 175 aa11.49□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZRP5 223 aa11.49□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 SMIM2Q9BVW6 85 aa11.49□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 LOC107984640A0A0U1RRK4 108 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 GAGE10A6NGK3 116 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 C9orf118A6NHY6 69 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 DPM2O94777 84 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 PLNP26678 52 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 ORMDL2Q53FV1 153 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 LINC00526Q96FQ7 95 aa11.48□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 IGLV4-69A0A075B6H9 119 aa11.47□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 A0A0J9YXV3 536 aa11.47□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 COX7A2LO14548 114 aa11.47□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 MALP21145 153 aa11.47□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 UBE2D4Q9Y2X8 147 aa11.47□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 A0A096LNJ9 63 aa11.46□□□□□ -0.57
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CLN3-241ENST00000635861 ERASQ7Z444 233 aa11.46□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 C2orf48Q96LS8 159 aa11.46□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 TIMM21Q9BVV7 248 aa11.46□□□□□ -0.57
CLN3-241ENST00000635861 TRAV12-1A0A0B4J245 112 aa11.45□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 APOMO95445 188 aa11.45□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 C2orf91Q6ZV80 131 aa11.45□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 SMIM13P0DJ93 91 aa11.44□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 SRSF9Q13242 221 aaKnown RBP eCLIP11.43□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 PAPPA-AS1Q5QFB9 102 aa11.43□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 CAMK2N2Q96S95 79 aa11.43□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 BORCS8-MEF2BH3BNR1 382 aaPredicted RBP11.43□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 FABP2P12104 132 aa11.43□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 ODF1Q14990 250 aa11.42□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 RNF151Q2KHN1 245 aa11.42□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 CST9LQ9H4G1 147 aa11.42□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 F8WDY8 70 aa11.41□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 NMUP48645 174 aa11.41□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP10-8P60410 259 aa11.41□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 GAGE2BQ13066 116 aa11.41□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD39Q53RE8 183 aa11.41□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 OCIAD2Q56VL3 154 aa11.41□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 TRAV13-1A0A0B4J241 112 aa11.4□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 K7EP34 96 aa11.4□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 PCP4P48539 62 aa11.4□□□□□ -0.58
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZUT4 128 aa11.39□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 J3QR89 54 aa11.38□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 RNASE13Q5GAN3 156 aaKnown RBP11.38□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 SPAG11BQ08648 103 aa11.37□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 C5orf38Q86SI9 138 aa11.37□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 SPANXA1Q9NS26 97 aa11.37□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 TMEM238LA0A1B0GVL6 79 aa11.36□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PNN7 141 aa11.36□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 A6NJY4 79 aa11.36□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 VPS25Q9BRG1 176 aa11.36□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 MRPL35Q9NZE8 188 aaKnown RBP11.36□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PPM0 123 aa11.35□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 F8VRH5 84 aa11.35□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 MRPS36P82909 103 aaKnown RBP11.35□□□□□ -0.59
CLN3-241ENST00000635861 RPL18AQ02543 176 aaKnown RBP11.35□□□□□ -0.59
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