RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000569950.1

VPS35-211, Transcript of VPS35, retromer complex component, humanhuman

TSL 5

Gene VPS35, Length 1,096 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35-211ENST00000569950 MALP21145 153 aa5.96□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 C2orf82Q6UX34 121 aa5.96□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 Q6ZSA8 131 aa5.96□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 MAP1LC3CQ9BXW4 147 aa5.96□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 FAT1Q14517 4588 aa5.96□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 EREGO14944 169 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 APOMO95445 188 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 TSPEAR-AS2P59090 65 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 PET117Q6UWS5 81 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 UNQ6190/PRO20217Q6UXQ8 127 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 Q8IZM0 81 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 C6orf48Q9UBA6 75 aa5.95□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 C16orf90A8MZG2 172 aa5.94□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 DPM2O94777 84 aa5.94□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 GCSHP23434 173 aa5.94□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 SYCNQ0VAF6 134 aa5.94□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 ZNF625Q96I27 306 aaPredicted RBP5.94□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 ZNF561-AS1K7EIQ3 104 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 IGKCP01834 107 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 S100A6P06703 90 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 PLNP26678 52 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 XGP55808 180 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 KRTDAPP60985 99 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 CIRBPQ14011 172 aaKnown RBP5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 C9orf116Q5BN46 136 aaPredicted RBP5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 TMEM170BQ5T4T1 132 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 COX7B2Q8TF08 81 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 CARD19Q96LW7 228 aa5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 TMA7Q9Y2S6 64 aaKnown RBP5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 AFDN-AS1Q9Y6Z5 254 aaPredicted RBP5.93□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 F8WDY8 70 aa5.92□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 H3BRM9 83 aa5.92□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 CHTF8P0CG12 524 aa5.92□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 RNF151Q2KHN1 245 aa5.92□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 CAMK2N2Q96S95 79 aa5.92□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 A0A096LNI7 61 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 IGKV2D-26A0A0A0MRZ7 120 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 EPM2AB3EWF7 344 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 NDUFA1O15239 70 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 TLX1NBP0CAT3 122 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 TOMM7Q9P0U1 55 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 VPS13BQ7Z7G8 4022 aa5.91□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 S100A2P29034 98 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 HAMPP81172 84 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 MAJINQ3KP22 176 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 ANKRD39Q53RE8 183 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 C6orf226Q5I0X4 101 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 KRTAP7-1Q8IUC3 87 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 STPG4Q8N801 248 aa5.9□□□□□ -1.46
VPS35-211ENST00000569950 SRRM2Q9UQ35 2752 aaKnown RBP5.9□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 TRAV16A0A0A6YYK6 109 aaPredicted RBP5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 TRBV30A0A0K0K1B3 111 aa5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 E9PLD3 99 aa5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 LEPROTO15243 131 aa5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 Q6ZRP5 223 aa5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 ATOH7Q8N100 152 aa5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 SPACA4Q8TDM5 124 aa5.89□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 CDK2AP2O75956 126 aa5.88□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 CXCL5P42830 114 aa5.88□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PTTG1IPP53801 180 aa5.88□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 SCXQ7RTU7 201 aa5.88□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 TTTY13Q9BZ97 58 aa5.88□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 LOC107984640A0A0U1RRK4 108 aa5.87□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 J3QQQ9 107 aa5.87□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PRSS2P07478 247 aa5.87□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 CKS1BP61024 79 aa5.87□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 C9orf129Q5T035 196 aaKnown RBP5.87□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 CIRBP-AS1Q8TBR5 109 aa5.87□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 NDUFC2-KCTD14E9PQ53 114 aa5.86□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 Q8NDZ9 215 aa5.86□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 A0A087WYN8 130 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 IGKV2-24A0A0C4DH68 120 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 A0A1W2PNN7 141 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 FAM168BA1KXE4 195 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 A6NJY4 79 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 JOSD1Q15040 202 aaPredicted RBP5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PYY3Q5JQD4 70 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PLEKHB2Q96CS7 222 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PLAC8Q9NZF1 115 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 NDUFA12Q9UI09 145 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PKHD1L1Q86WI1 4243 aa5.85□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 C20orf202A1L168 122 aa5.84□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 KRTAP10-4P60372 401 aaPredicted RBP5.84□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 PCP2Q8IVA1 136 aa5.84□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 LITAFQ99732 161 aa5.84□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 TP73-AS1Q9UF72 201 aa5.84□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 ERG28Q9UKR5 140 aa5.84□□□□□ -1.47
VPS35-211ENST00000569950 ABCA13Q86UQ4 5058 aa5.83□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 EIF4EBP3O60516 100 aaPredicted RBP5.83□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 HERVK_113P61574 105 aa5.83□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 RPL18AQ02543 176 aaKnown RBP5.83□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 GAGE2BQ13066 116 aa5.83□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 XAGE1AQ9HD64 81 aa5.83□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 A0A0J9YXY3 114 aa5.82□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 SCGB1D1O95968 90 aa5.82□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 SMIM13P0DJ93 91 aa5.82□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 NMUP48645 174 aa5.82□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 GAGE2EQ4V326 116 aa5.82□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 ADAMTSL4-AS1Q5T5F5 129 aa5.82□□□□□ -1.48
VPS35-211ENST00000569950 SERTAD4-AS1Q5TG53 156 aa5.82□□□□□ -1.48
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 63.7 ms