RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484986.1

PTPRN-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 4

Gene PTPRN, Length 545 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-215	ENST00000484986	TRBV24-1	A0A075B6N3	115 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-215	ENST00000484986	RPL32	P62910	135 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-215	ENST00000484986	ADIRF	Q15847	76 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-215	ENST00000484986	CKS2	P33552	79 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-215	ENST00000484986	RPL23	P62829	140 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-215	ENST00000484986	IMMP2L	Q96T52	175 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	C1orf137	Q5JT78	98 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	ORAOV1	Q8WV07	137 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	NDUFA1	O15239	70 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	TNFRSF6B	O95407	300 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	S100A8	P05109	93 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	IGHV3OR16-9	A0A0B4J2B5	98 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986		F8W036	122 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	SMIM2	Q9BVW6	85 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	HBB	P68871	147 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	DIRC1	Q969H9	104 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRN-215	ENST00000484986	IFITM10	A6NMD0	228 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	PPBP	P02775	128 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986		D6R8Y8	96 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	IGLV7-43	P04211	117 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM104A	Q969W3	186 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986		A0A087WZ39	114 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	TGIF2-C20orf24	A0A0A6YYL0	155 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	RAB5A	P20339	215 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	UQCC3	Q6UW78	93 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	NPY	P01303	97 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	C10orf25	Q5T742	122 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRN-215	ENST00000484986		A0A1B0GXF2	115 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM168B	A1KXE4	195 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	PNRC1	Q12796	327 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	COMMD7	Q86VX2	200 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	ORMDL3	Q8N138	153 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986		H0Y9J4	135 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	GAGE2E	Q4V326	116 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	TMEM218	A2RU14	115 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	MT-ND4L	P03901	98 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	KIAA0087	Q14695	138 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	UBE2B	P63146	152 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	TMEM141	Q96I45	108 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	PACRG	Q96M98	296 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	PRELID3A	Q96N28	172 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-215	ENST00000484986	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986		M0QXV9	152 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	KRTAP11-1	Q8IUC1	163 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	LINC01561	Q8N1V8	128 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	ANAPC16	Q96DE5	110 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	LPA	P08519	4548 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986		Q6ZN92	141 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	SEC11C	Q9BY50	192 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	PRSS47	A8MTI9	375 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	ADCYAP1	P18509	176 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	C2orf82	Q6UX34	121 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	KRTAP7-1	Q8IUC3	87 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	MAP1LC3A	Q9H492	121 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	UBE2D1	P51668	147 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	CYSLTR1	Q9Y271	337 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRN-215	ENST00000484986	PRSS2	P07478	247 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	LOC389332	A0A1B0GUA5	103 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	VCX2	Q9H322	139 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	NPS	P0C0P6	89 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	CKS1B	P61024	79 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	C2orf66	Q6UXQ4	117 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986		Q8N8P6	123 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986		K7EMI3	77 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	ORMDL2	Q53FV1	153 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	AMELX	Q99217	191 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986	CARHSP1	Q9Y2V2	147 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRN-215	ENST00000484986		Q8IZM0	81 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRN-215	ENST00000484986	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRN-215	ENST00000484986	NUPR1	O60356	82 aa		13.26	□□□□□ -0.29

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 42.2 ms