RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-215	ENST00000484528		K7EN84	100 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	AMT	P48728	403 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	PGLYRP4	Q96LB8	373 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	RPP21	Q9H633	154 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528		A0A1B0GUV1	79 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	hDV102S1	A0JD36	115 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	UBE2L6	O14933	153 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	COTL1	Q14019	142 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	CLRN3	Q8NCR9	226 aa		13.84	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	OCC1	Q8TAD7	63 aa		13.84	□□□□□ -0.19
USP40-215	ENST00000484528	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	WDR73	Q6P4I2	378 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	GATD1	Q8NB37	220 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	CNFN	Q9BYD5	112 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		13.82	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	FOXA3	P55318	350 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	GTSF1	Q8WW33	167 aa		13.81	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	CNBP	P62633	177 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		13.8	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	OXT	P01178	125 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	SLPI	P03973	132 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528		Q6ZNX1	250 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	AP5S1	Q9NUS5	200 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	GAGE12H	A6NDE8	117 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	ALKAL2	Q6UX46	152 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP40-215	ENST00000484528	IGKV2D-29	A0A075B6S2	120 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	IGKV2-29	A2NJV5	120 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	GATC	O43716	136 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	CHTF8	P0CG12	524 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	CEBPG	P53567	150 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	IGHV3-64	A0A075B6Q5	118 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	AMMECR1L	Q6DCA0	310 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	C15orf56	Q8N910	161 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	RNASEK	Q6P5S7	137 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	hCG_2014768	A0A024R1R8	64 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	TMEM250	H0YL14	139 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	APCS	P02743	223 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	DPH3	Q96FX2	82 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	AKAP14	Q86UN6	197 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	NCR2	O95944	276 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	BLOC1S1	P78537	153 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	CHCHD10	Q8WYQ3	142 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528		A0A087WYN8	130 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528		A8MWL6	223 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	GAS8-AS1	O95177	125 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	FGF6	P10767	208 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	FAM231D	Q6ZW35	169 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP40-215	ENST00000484528	SERTAD4-AS1	Q5TG53	156 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	TEX261	Q6UWH6	196 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	CFAP161	Q6P656	301 aa		13.69	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	PMCH	P20382	165 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	COX6A2	Q02221	97 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	LYPD6B	Q8NI32	183 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	SMIM7	Q9BQ49	75 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	FAM231B	A6NCW3	169 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528		H7C423	109 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528		I3L3M4	83 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	BORCS7	Q96B45	105 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	RNF185	Q96GF1	192 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		13.66	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	RPS10	P46783	165 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	CT83	Q5H943	113 aa		13.66	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	EIF5A2	Q9GZV4	153 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	IGKV2-24	A0A0C4DH68	120 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	TRBV6-5	A0A0K0K1A5	114 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	TSHB	P01222	138 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	XCL1	P47992	114 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	LINC01551	Q86U37	167 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	PRSS3P2	Q8NHM4	247 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	ST20	Q9HBF5	79 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP40-215	ENST00000484528	GVQW2	A0A096LPI5	108 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	HIGD1C	A8MV81	97 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	ZNF25	P17030	456 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	FOXI1	Q12951	378 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	OR5A1	Q8NGJ0	315 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	BTF3L4	Q96K17	158 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528		A0A1B0GUT8	65 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	TSKU	Q8WUA8	353 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	TMEM101	Q96IK0	257 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	ZNF727	A8MUV8	499 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	PHOX2A	O14813	284 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	CCL25	O15444	150 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	NDUFS6	O75380	124 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	ESD	P10768	282 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	MAJIN	Q3KP22	176 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP40-215	ENST00000484528	MRAP2	Q96G30	205 aa		13.62	□□□□□ -0.23

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