RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	TAL2	Q16559	108 aa		6.46	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SAMD5	Q5TGI4	173 aa		6.46	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C1QTNF4	Q9BXJ3	329 aa		6.46	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	WNK1	Q9H4A3	2382 aa		6.46	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C2CD3	Q4AC94	2353 aa		6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	NSD1	Q96L73	2696 aa	Predicted RBP	6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PRSS29P	A6NIE9	313 aa		6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		F8VRH5	84 aa		6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PLN	P26678	52 aa		6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	MAPK1IP1L	Q8NDC0	245 aa		6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ESM1	Q9NQ30	184 aa		6.46	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SPRY2	O43597	315 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	INSL3	P51460	131 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB112	Q30KQ8	113 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00467	Q9BRT7	94 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	FLNA	P21333	2647 aa	Known RBP	6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		A6NJY4	79 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		E9PLD3	99 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV4-59	P01825	116 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	CEND1	Q8N111	149 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SPAG8	Q99932	426 aa	Predicted RBP	6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCA12	Q86UK0	2595 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PPM0	123 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SNCG	O76070	127 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ZFAND6	Q6FIF0	208 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	CHAC1	Q9BUX1	264 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL16	Q9NX20	251 aa	Known RBP	6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PRO0461	Q9UI25	63 aa		6.45	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	MT-ATP8	P03928	68 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ORMDL2	Q53FV1	153 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10J6P	Q8NGY7	276 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PPDPF	Q9H3Y8	114 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		M0QY20	66 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		P0DMU3	169 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM231A	P0DMU4	169 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM231C	P0DMU5	169 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ASIP	P42127	132 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	IL17D	Q8TAD2	202 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	C16orf95	Q9H693	158 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	POLQ	O75417	2590 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		H7C1H1	209 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PSMB2	P49721	201 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE2B	Q13066	116 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE2E	Q4V326	116 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	C10orf126	Q8N4M7	172 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	CYSLTR1	Q9Y271	337 aa		6.44	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	NF1	P21359	2839 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV2	A0A0B4J234	112 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-11	P01762	117 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	LY6E	Q16553	131 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMY1B	A6NDE4	496 aa	Known RBP	6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMY1E	A6NEQ0	496 aa	Known RBP	6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	RS1	O15537	224 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	TCTEX1D4	Q5JR98	221 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	JPT2	Q9H910	190 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	EIF4EBP3	O60516	100 aa	Predicted RBP	6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	LY6G6D	O95868	133 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	LGALS1	P09382	135 aa	Known RBP	6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SMIM13	P0DJ93	91 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2D1	P51668	147 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		Q1RN00	199 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	TIMM17A	Q99595	171 aa		6.43	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF876P	Q49A33	203 aa		6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PIK3CD-AS1	Q5SR53	167 aa		6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ZFP2	Q6ZN57	461 aa		6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	NFE4	Q86UQ8	179 aa		6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	FBN1	P35555	2871 aa	Known RBP	6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SPANXN1	Q5VSR9	72 aa		6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		6.42	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	VPREB3	Q9UKI3	123 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE12J	A6NER3	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE7	O76087	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PRSS1	P07477	247 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	CD7	P09564	240 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE12F	P0CL80	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE12G	P0CL81	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE12I	P0CL82	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE4	Q13068	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	C2orf66	Q6UXQ4	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNRF2	Q8NHG8	242 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	KIR2DL4	Q99706	377 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PGPEP1	Q9NXJ5	209 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	MDFIC	Q9P1T7	246 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE13	Q4V321	117 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	SMR3A	Q99954	134 aa		6.41	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0U1RQV1	116 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	DUSP14	O95147	198 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R17	O96001	155 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	AGRN	O00468	2067 aa		6.4	□□□□□ -1.38

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 44.6 ms