RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM104A	Q969W3	186 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912		Q96MF0	132 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP1LC3A	Q9H492	121 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	EDA2R	Q9HAV5	297 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	NACA	E9PAV3	2078 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	TM2D2	Q9BX73	214 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPN13	Q12923	2485 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV40	A0A0B4J280	105 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BRM9	83 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	OVOL1	O14753	267 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	MORN3	Q6PF18	240 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF479	Q96JC4	524 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf85	Q96MD7	179 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	C20orf78	Q9BR46	151 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912	VCX2	Q9H322	139 aa		6.53	□□□□□ -1.36
SYNE1-215	ENST00000460912		H7C2G1	150 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	LEP	P41159	167 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM97	Q5BJF2	176 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV26-2	A0A0B4J265	109 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6YL49	198 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM158	Q8WZ71	300 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SMPX	Q9UHP9	88 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A087WX48	190 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ORM1	P02763	201 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB1	P60022	68 aa		6.52	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	CREBBP	Q92793	2442 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0G2JLM5	398 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SMIM2	Q9BVW6	85 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		A6NDN8	102 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SCGB1C2	P0DMR2	95 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM78	Q5T7P6	136 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf118	A6NHY6	69 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGIP	A6NJ69	53 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	LAGE3	Q14657	143 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	NHP2	Q9NX24	153 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00527	Q9UJ94	153 aa		6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SMIM17	P0DL12	118 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX29	Q8N6K0	151 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SYT8	Q8NBV8	401 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	AMELX	Q99217	191 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV4-69	A0A075B6H9	119 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		A4D1N5	150 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BUX3	64 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	LGALS9	O00182	355 aa		6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP1A	P78559	2803 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3OR16-13	A0A075B7E8	117 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-49	A0A0A0MS15	119 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-74	A0A0B4J1X5	117 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV6-5	A0A0K0K1A5	114 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP5L	O75964	103 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C1orf43	Q9BWL3	253 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	OR5A1	Q8NGJ0	315 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3OR16-10	A0A075B7F0	116 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		K7ERJ3	54 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	LYRM7	Q5U5X0	104 aa		6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	DAZ1	Q9NQZ3	744 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BMG7	143 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	WFDC2	Q14508	124 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF702P	Q9H963	129 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV25-1	A0A075B6N4	114 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		F6UB75	175 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		K7EQG2	157 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKC	P01834	107 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C10orf99	Q6UWK7	81 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C16orf92	Q96LL3	132 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	RHPN1-AS1	Q9BWJ2	59 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		6.48	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-16	A0A0C4DH30	117 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	GNRH2	O43555	120 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	APOM	O95445	188 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE5	Q13069	117 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	GAGE6	Q13070	117 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	CD300E	Q496F6	205 aa	Predicted RBP	6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	BAALC	Q8WXS3	180 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		G3V4G9	280 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMY1A1	P0DJD3	496 aa	Known RBP	6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMY1C	P0DJD4	496 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMY1F	Q15415	496 aa	Known RBP	6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM86B	Q8N661	226 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	DLX4	Q92988	240 aa	Predicted RBP	6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TTTY13	Q9BZ97	58 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	FXYD2	P54710	66 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	PTH2	Q96A98	100 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	HIVEP1	P15822	2718 aa		6.47	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0J9YX75	114 aa		6.46	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912		K7EP34	96 aa		6.46	□□□□□ -1.37
SYNE1-215	ENST00000460912	DPM2	O94777	84 aa		6.46	□□□□□ -1.37

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