RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	CDKN1B	P46527	198 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	CAMP	P49913	170 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	FGF8	P55075	233 aa	Predicted RBP	3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	UBE2G2	P60604	165 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SERF2	P84101	59 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		Q6ZTC4	211 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TMUB2	Q71RG4	321 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	C1orf158	Q8N1D5	194 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	CSNK1G2-AS1	Q8NCQ2	148 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PHLDA1	Q8WV24	401 aa	Predicted RBP	3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	FXYD5	Q96DB9	178 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM167A-AS1	Q96KT0	104 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SGK494	Q96LW2	274 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	IGF2BP2-AS1	Q96M15	143 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	LINC00477	Q96M19	166 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	VGLL1	Q99990	258 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	NIPSNAP3B	Q9BS92	247 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		Q9H3A6	140 aa		3.34	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TENM2	Q9NT68	2774 aa		3.34	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	RAB19	A4D1S5	217 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF222	A6NCQ9	220 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		G3V3Q6	166 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		K7EQM0	130 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	LY6G6C	O95867	125 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CXorf1	O96002	111 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	NMB	P08949	121 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SPART-AS1	P0CW21	52 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	AZU1	P20160	251 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	GCHFR	P30047	84 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	DAD1	P61803	113 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	GNG5	P63218	68 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	EIF5A	P63241	154 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM222A	Q5U5X8	452 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CST9LP1	Q5W188	147 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CEMP1	Q6PRD7	247 aa	Predicted RBP	3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	AMTN	Q6UX39	209 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	KCNRG	Q8N5I3	272 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	STOML3	Q8TAV4	291 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM213B	Q8TBF2	198 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	RXFP4	Q8TDU9	374 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SFT2D1	Q8WV19	159 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	PSMG3	Q9BT73	122 aa	Predicted RBP	3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	OTOR	Q9NRC9	128 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	NAGK	Q9UJ70	344 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	YTHDF2	Q9Y5A9	579 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	MUC4	Q99102	2169 aa		3.33	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	DEFB131B	A0A096LNP1	70 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CTXND1	A0A1B0GTU2	59 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	C7orf71	A4D174	169 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM189	A5PLL7	270 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	NUPR2	A6NF83	97 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF705E	A8MWA4	302 aa	Predicted RBP	3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SNURFL	B1AK76	121 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF253	O75346	499 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF138	P52744	262 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	BTN1A1	Q13410	526 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	OR5I1	Q13606	314 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	PDE6H	Q13956	83 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	MUC21	Q5SSG8	566 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	EIF5AL1	Q6IS14	154 aa	Known RBP	3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF705A	Q6ZN79	300 aa	Predicted RBP	3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SSX7	Q7RTT5	188 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	PRNT	Q86SH4	94 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SMIM29	Q86T20	159 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM256	Q8N2U0	113 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		Q8NAQ8	132 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		Q8TAT8	98 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SDF2L1	Q9HCN8	221 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	NOP10	Q9NPE3	64 aa	Known RBP	3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CYTL1	Q9NRR1	136 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM167B	Q9NRX6	74 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CELA1	Q9UNI1	258 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	PRKDC	P78527	4128 aa	Known RBP	3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	DNAH3	Q8TD57	4116 aa		3.32	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A087WYN8	130 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TRAV10	A0A0B4J240	114 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	MAP1LC3B2	A6NCE7	125 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	C11orf94	C9JXX5	98 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		F5H768	121 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		H7BYZ3	331 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	BCL2L11	O43521	198 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	STAG3L2	P0CL84	134 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	STAG3L3	P0CL85	134 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TPT1	P13693	172 aa	Known RBP	3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	FHIT	P49789	147 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	TAS2R60	P59551	318 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	FLI1	Q01543	452 aa	Predicted RBP	3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	C12orf74	Q32Q52	190 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	SMUG1	Q53HV7	270 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM159A	Q6UWV7	190 aa		3.31	□□□□□ -1.88
ATXN3-238	ENST00000556288		Q6ZQT7	251 aa		3.31	□□□□□ -1.88

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