RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000479177.1

USP48-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, human

TSL 3

Gene USP48, Length 686 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP48-208	ENST00000479177	APRG1	Q8IVJ8	170 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	WFDC10A	Q9H1F0	79 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		A0A087WWC5	75 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	C19orf71	A6NCJ1	209 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		B4DEV8	164 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		F5H697	171 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	LEP	P41159	167 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	EGFEM1P	Q0D2K5	195 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RNF212	Q495C1	297 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SMUG1	Q53HV7	270 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	PRR27	Q6MZM9	219 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	FAM231D	Q6ZW35	169 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SFRP2	Q96HF1	295 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	BIN3	Q9NQY0	253 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	NBEAL2	Q6ZNJ1	2754 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	KLLN	B2CW77	178 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		M0R2Z0	102 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SH2D1A	O60880	128 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	IGKV3-20	P01619	116 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	MT-ND4L	P03901	98 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CRIP1	P50238	77 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	ZNF80	P51504	273 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	OR4B1	Q8NGF8	309 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RNASE7	Q9H1E1	156 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RPS10P5	Q9NQ39	176 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	OSTC	Q9NRP0	149 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	FBN3	Q75N90	2809 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	C7orf71	A4D174	169 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		H7BYZ3	331 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		J3KRW8	73 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	PPP1R2P9	O14990	202 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SCO1	O75880	301 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	PFN1	P07737	140 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TSPO	P30536	169 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	KRTAP10-11	P60412	298 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	ERVFC1-1	P60608	527 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	BTN1A1	Q13410	526 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SPINK13	Q1W4C9	94 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		Q6AWC8	147 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CBLN2	Q8IUK8	224 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	STH	Q8IWL8	128 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	DEFB125	Q8N687	156 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	C15orf54	Q8N8G6	183 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RPP21	Q9H633	154 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		V9GYV3	84 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TENM3	Q9P273	2699 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		G3V4G9	280 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	GATC	O43716	136 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		P01737	135 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	AMBP	P02760	352 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	GPX1	P07203	203 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CDKN1B	P46527	198 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	FXYD7	P58549	80 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		Q6ZQT7	251 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SRD5A3	Q9H8P0	318 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CA1	P00915	261 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	INS	P01308	110 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	GIG44	P09565	113 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RBMY1A1	P0DJD3	496 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RBMY1C	P0DJD4	496 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RPL35A	P18077	110 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RPL19	P84098	196 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	RBMY1F	Q15415	496 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TMEM88	Q6PEY1	159 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	OR2D3	Q8NGH3	330 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	DAZAP1	Q96EP5	407 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	YPEL4	Q96NS1	127 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	IL36B	Q9NZH7	164 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	ZMAT5	Q9UDW3	170 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	STAB2	Q8WWQ8	2551 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TMSB15B	A0A087X1C1	80 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	TMEM189	A5PLL7	270 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177	CXorf65	A6NEN9	183 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-208	ENST00000479177		A8MWL6	223 aa		4.84	□□□□□ -1.63

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