RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486480.1

PTPRN-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 3

Gene PTPRN, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-216	ENST00000486480	TMEM78	Q5T7P6	136 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TMEM256	Q8N2U0	113 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	CMTM2	Q8TAZ6	248 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	RXFP4	Q8TDU9	374 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	HYLS1	Q96M11	299 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	RBAKDN	A6NC62	111 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	DIRC3	C9JPN6	131 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TPT1	P13693	172 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	NANOS2	P60321	138 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	CD300C	Q08708	224 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	RRN3P1	Q2M238	152 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	IQCF2	Q8IXL9	164 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	STOML3	Q8TAV4	291 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	LOC102723971	A0A1B0GUV8	181 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TMEM189	A5PLL7	270 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480		J3KRW8	73 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	PLA2G2E	Q9NZK7	142 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	CELA1	Q9UNI1	258 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	MAP1LC3B2	A6NCE7	125 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	UMAD1	C9J7I0	102 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	CRISP2	P16562	243 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	FHIT	P49789	147 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	ZNF138	P52744	262 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	EMP1	P54849	157 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	FGF8	P55075	233 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480		Q8TAT8	98 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TMED6	Q8WW62	240 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	LINC01587	Q99440	93 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	MAP1LC3B	Q9GZQ8	125 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	ZNF492	Q9P255	531 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	NUPR2	A6NF83	97 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	KLLN	B2CW77	178 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	GGTLC3	B5MD39	225 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480		H7BYZ3	331 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	PRM2	P04554	102 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TAS2R60	P59551	318 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	GNG5	P63218	68 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	ARL6IP6	Q8N6S5	226 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	C7orf71	A4D174	169 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	NMB	P08949	121 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	ZFP69	Q49AA0	526 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	C5orf17	Q8NAS9	161 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	FAM213B	Q8TBF2	198 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	PHLDA1	Q8WV24	401 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	BTN1A1	Q13410	526 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	CEMP1	Q6PRD7	247 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	C9orf62	Q8N4C0	152 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	YTHDF2	Q9Y5A9	579 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-216	ENST00000486480	TENM2	Q9NT68	2774 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480		A0A1W2PRE2	83 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	GPX1	P07203	203 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	SPART-AS1	P0CW21	52 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	HTN1	P15515	57 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	AZU1	P20160	251 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	SUMO1	P63165	101 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	PRR9	Q5T870	116 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	FAM222A	Q5U5X8	452 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	DPPA3	Q6W0C5	159 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	NIPSNAP3B	Q9BS92	247 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	DKK2	Q9UBU2	259 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	STARD9	Q9P2P6	4700 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	TEX48	A0A1B0GUV7	120 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	TCRA	P04437	139 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	UBE2G2	P60604	165 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480		Q6ZTC4	211 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	SLC51B	Q86UW2	128 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	SERTM2	A0A1B0GWG4	89 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	PLAC8L1	A1L4L8	177 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	C12orf74	Q32Q52	190 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	EIF5AL1	Q6IS14	154 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	ZNF767P	Q75MW2	155 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	TMEM263	Q8WUH6	116 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	MBD3L1	Q8WWY6	194 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	C16orf74	Q96GX8	76 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	PYGO2	Q9BRQ0	406 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	FAM74A7	A6NL05	159 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	RNASE8	Q8TDE3	154 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	SFT2D1	Q8WV19	159 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	EPDR1	Q9UM22	224 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	KLK5	Q9Y337	293 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	C11orf94	C9JXX5	98 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	ZNF493	Q6ZR52	646 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480	ATG101	Q9BSB4	218 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480		A0A1B0GV50	99 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-216	ENST00000486480		K7EQM0	130 aa		13.65	□□□□□ -0.22

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