RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	PGPEP1	Q9NXJ5	209 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF586	Q9NXT0	402 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CLN3-255	ENST00000637100	PXMP4	Q9Y6I8	212 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CLN3-255	ENST00000637100		A0A0J9YY99	117 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100		H3BQ15	152 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	AGPAT2	O15120	278 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SSSCA1	O60232	199 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	RRAS2	P62070	204 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SLC38A11	Q08AI6	406 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	MORN5	Q5VZ52	161 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	C11orf72	Q8NBR9	251 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	FAT1	Q14517	4588 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SNURFL	B1AK76	121 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	GOSR2	O14653	212 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF253	O75346	499 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	NDUFB6	O95139	128 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	XG	P55808	180 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	LINC00315	P59091	139 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100		Q6ZTI0	123 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	RCL1	Q9Y2P8	373 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	LINC00854	A0A1B0GVQ3	168 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	OPCML	Q14982	345 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	GUK1	Q16774	197 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	MGST2	Q99735	147 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	MGAT4C	Q9UBM8	478 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	VPS13B	Q7Z7G8	4022 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	C7orf66	A4D0T2	115 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	NAP1L6	A6NFF2	107 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	KLLN	B2CW77	178 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	OR4E1	P0C645	316 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	LEP	P41159	167 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	CDPF1	Q6NVV7	123 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	DMBT1	Q9UGM3	2413 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	EPM2A	B3EWF7	344 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SNRPC	P09234	159 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	DNAJC4	Q9NNZ3	241 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	FLVCR2	Q9UPI3	526 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100		H3BTX0	84 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SIVA1	O15304	175 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	COX7A2P2	O60397	106 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SPINK4	O60575	86 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	IAH1	Q2TAA2	248 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	C10orf113	Q5VZT2	155 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	CHAC2	Q8WUX2	184 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	MITD1	Q8WV92	249 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	SRR	Q9GZT4	340 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	C11orf1	Q9H5F2	150 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	MBP	P02686	304 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	NMB	P08949	121 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-255	ENST00000637100	C7orf71	A4D174	169 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	CRISP2	P16562	243 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	BTC	P35070	178 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	TCL1A	P56279	114 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	BAK1	Q16611	211 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	VWC2	Q2TAL6	325 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	LINC00477	Q96M19	166 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	FUT9	Q9Y231	359 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	WDR83OS	Q9Y284	106 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	TRBV19	A0A075B6N1	114 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	TRAV5	A0A0B4J249	113 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	NOL3	O60936	208 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	NDUFB4	O95168	129 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	S100A5	P33763	92 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	RPL29	P47914	159 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	CAMLG	P49069	296 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	EIF4E3	Q8N5X7	224 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM14C	Q9P0S9	112 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	TRGV2	A0A075B6R0	118 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100		K7EP13	123 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	NXPH4	O95158	308 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	INAFM2	P0DMQ5	153 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	PDE6H	Q13956	83 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	CNPY1	Q3B7I2	92 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100		Q6ZRG5	221 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	NRARP	Q7Z6K4	114 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	ST6GAL2	Q96JF0	529 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	PFDN5	Q99471	154 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	PRELID1	Q9Y255	219 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	KLF12	Q9Y4X4	402 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	MYCBP2	O75592	4640 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100		M0R3E3	92 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	ERVFC1-1	P60608	527 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	CD300C	Q08708	224 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	SLA	Q13239	276 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	RAB31	Q13636	194 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CLN3-255	ENST00000637100	MIC13	Q5XKP0	118 aa		11.17	□□□□□ -0.62

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