RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469802.5

COL9A3-208, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, human

TSL 2

Gene COL9A3, Length 680 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
COL9A3-208	ENST00000469802	RSG1	Q9BU20	258 aa		11.66	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	DOK5	Q9P104	306 aa		11.66	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	RCL1	Q9Y2P8	373 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	RFNG	Q9Y644	331 aa		11.66	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	TRAV8-2	A0A0B4J237	113 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	FNDC10	F2Z333	226 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802		K7EPK0	472 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	S100A7	P31151	101 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	DLK1	P80370	383 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	C4orf46	Q504U0	113 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	C1orf158	Q8N1D5	194 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	MITD1	Q8WV92	249 aa		11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	SLC25A39	Q9BZJ4	359 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
COL9A3-208	ENST00000469802	IGHV3OR16-12	A0A075B7B8	117 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	LINC00854	A0A1B0GVQ3	168 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	SMCO3	A2RU48	225 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	CENPX	A8MT69	81 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	IL5	P05113	134 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	LINC00869	P0C866	280 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	SPART-AS1	P0CW21	52 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	TAS2R30	P59541	319 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	SELENOT	P62341	195 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	IAH1	Q2TAA2	248 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	DKK2	Q9UBU2	259 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	GOLT1B	Q9Y3E0	138 aa		11.64	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	TEX48	A0A1B0GUV7	120 aa		11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	TSC22D2	O75157	780 aa		11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	METTL15P1	P0C7V9	234 aa		11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	CNPY1	Q3B7I2	92 aa		11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	ZBTB8B	Q8NAP8	495 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	C20orf85	Q9H1P6	137 aa		11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	HIGD1A	Q9Y241	93 aa		11.63	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802		A0A087X0K7	114 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	PLA2G10	O15496	165 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	HYPM	O75409	117 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	RPL7	P18124	248 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	EMP1	P54849	157 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	RAP2B	P61225	183 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	RRAS2	P62070	204 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	FAM222A	Q5U5X8	452 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	RNF182	Q8N6D2	247 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	IGF2BP2-AS1	Q96M15	143 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	UHRF2	Q96PU4	802 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	NDUFAF3	Q9BU61	184 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		11.62	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	LOC102723971	A0A1B0GUV8	181 aa		11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	SCGB1D2	O95969	90 aa		11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	HBE1	P02100	147 aa		11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	CNN1	P51911	297 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	OXA1L	Q15070	435 aa		11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	IGFL4	Q6B9Z1	124 aa		11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	OR11H7	Q8NGC8	314 aa		11.61	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	NACA	E9PAV3	2078 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	C7orf66	A4D0T2	115 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	MRPS12	O15235	138 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	LYRM1	O43325	122 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	DUSP14	O95147	198 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	MBP	P02686	304 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	OR5G3	P0C626	314 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	SLC38A11	Q08AI6	406 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	ARL16	Q0P5N6	197 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	TEPP	Q6URK8	271 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	PATE2	Q6UY27	113 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	OR10P1	Q8NGE3	313 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	NIPSNAP3B	Q9BS92	247 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	MGAT4C	Q9UBM8	478 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	YTHDF2	Q9Y5A9	579 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		11.6	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802		P0DMU3	169 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	FAM231A	P0DMU4	169 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	FAM231C	P0DMU5	169 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	CXCL3	P19876	107 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	SPINK13	Q1W4C9	94 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	RRN3P1	Q2M238	152 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	PXDC1	Q5TGL8	231 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	POM121L12	Q8N7R1	296 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	FAM210B	Q96KR6	192 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	GGACT	Q9BVM4	153 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	ARL6	Q9H0F7	186 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	ARV1	Q9H2C2	271 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	GSKIP	Q9P0R6	139 aa		11.59	□□□□□ -0.55
COL9A3-208	ENST00000469802	DNAH2	Q9P225	4427 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802		M0R2Z0	102 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	CCS	O14618	274 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	INS	P01308	110 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	FGL1	Q08830	312 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	LINC00299	Q6ZSB3	139 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	ZNF546	Q86UE3	836 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	ZNF738	Q8NE65	137 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	C11orf1	Q9H5F2	150 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		11.58	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802		A6NHS1	94 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	BOLA2-SMG1P6	H3BVE0	249 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	AGPAT2	O15120	278 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	TCRB	P04435	133 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	S100A7A	Q86SG5	101 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	BAP18	Q8IXM2	172 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	OR8A1	Q8NGG7	326 aa		11.57	□□□□□ -0.56
COL9A3-208	ENST00000469802	MGST2	Q99735	147 aa		11.57	□□□□□ -0.56

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.7 ms