RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	FNDC10	F2Z333	226 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ZNF561-AS1	K7EIQ3	104 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	BMPR1B	O00238	502 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA4	O00483	81 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CFD	P00746	253 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CTSG	P08311	255 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4-30-4	P0DP06	118 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	BMI1	P35226	326 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	NHLH2	Q02577	135 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	KLF5	Q13887	457 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ZNF709	Q8N972	641 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM170A	Q8WVE7	144 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	UQCC1	Q9NVA1	299 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	MBD2	Q9UBB5	411 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	FRAS1	Q86XX4	4008 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TRAV14DV4	A0A0A6YYC5	116 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	IGSF23	A1L1A6	192 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520		H0YIZ8	118 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	DFFB	O76075	338 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TRBV12-3	P01733	135 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	NPPC	P23582	126 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	YPEL3	P61236	119 aa	Predicted RBP	6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	SELENOT	P62341	195 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	EWSR1	Q01844	656 aa	Known RBP eCLIP	6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TIGIT	Q495A1	244 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZRG5	221 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ACOT7L	Q6ZUV0	252 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM144	Q7Z5S9	345 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	AKAP14	Q86UN6	197 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	BPIFC	Q8NFQ6	507 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR5C1	Q8NGR4	320 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CHAC2	Q8WUX2	184 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CHRDL1	Q9BU40	450 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM147	Q9BVK8	224 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PS18	150 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PMS2P5	A8MQ11	134 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	C17orf112	F2Z3M2	114 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	LGALS9	O00182	355 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	JTB	O76095	146 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ELL	P55199	621 aa	Predicted RBP	6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR51G1	Q8NGK1	321 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR9G4	Q8NGQ1	327 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	MARC2	Q969Z3	335 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R14B	Q96C90	147 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	GRAMD2B	Q96HH9	432 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	METTL26	Q96S19	204 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TRGV9	Q99603	122 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PBDC1	Q9BVG4	233 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	C11orf1	Q9H5F2	150 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM231	Q9H6L2	316 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	MRPL27	Q9P0M9	148 aa	Known RBP	6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	HSPB11	Q9Y547	144 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PUS1	Q9Y606	427 aa	Known RBP eCLIP	6.6	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ALMS1	Q8TCU4	4167 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	BORCS7-ASMT	A0A0B4J1R7	106 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520		K7EMT4	169 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PFDN1	O60925	122 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	MPDU1	O75352	247 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TOMM40	O96008	361 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	IGLC1	P0CG04	106 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PSG1	P11464	419 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	C4BPB	P20851	252 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	FGF7	P21781	194 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CAMLG	P49069	296 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ARL16	Q0P5N6	197 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR2F1	Q13607	317 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CLINT1	Q14677	625 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	LAMTOR1	Q6IAA8	161 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	BTNL8	Q6UX41	500 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TOMM20L	Q6UXN7	152 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CYP2G1P	Q6ZSU1	146 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	THAP8	Q8NA92	274 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	DYNLRB2	Q8TF09	96 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ATP5S	Q99766	215 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	SMIM3	Q9BZL3	60 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	MFF	Q9GZY8	342 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	DAZ1	Q9NQZ3	744 aa	Known RBP	6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	RABAC1	Q9UI14	185 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	RNF24	Q9Y225	148 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PLEC	Q15149	4684 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520		A0A0D9SG52	128 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	HMSD	A8MTL9	139 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	PRSS46	E5RG02	174 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	SMLR1	H3BR10	107 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	TAAR5	O14804	337 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	AGPAT2	O15120	278 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	ARPC5	O15511	151 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	IL4	P05112	153 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	CD5	P06127	495 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	ORM2	P19652	201 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	EIF2B2	P49770	351 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	LYZ	P61626	148 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	PAFAH1B2	P68402	229 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	ZNF90	Q03938	601 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	ZNF266	Q14584	549 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	HAGH	Q16775	308 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	TM4SF20	Q53R12	229 aa		6.58	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520		Q5BKY6	102 aa		6.58	□□□□□ -1.36

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