RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	MAL	P21145	153 aa		10.86	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM89B	Q8N5H3	189 aa		10.86	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	CYTL1	Q9NRR1	136 aa		10.86	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	BEX4	Q9NWD9	120 aa	Predicted RBP	10.86	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	CRIM1	Q9NZV1	1036 aa		10.86	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	ALPK2	Q86TB3	2170 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	GREB1	Q4ZG55	1949 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP5L	O75964	103 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM42	Q69YG0	159 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	IZUMO1R	A6ND01	250 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	LDLRAD4	O15165	306 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	ADCYAP1	P18509	176 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB121	Q5J5C9	76 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	SP5	Q6BEB4	398 aa	Predicted RBP	10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	SIGLEC15	Q6ZMC9	328 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	SSBP4	Q9BWG4	385 aa	Predicted RBP	10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV8-6	A0A0B4J262	113 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447		K7ENP7	123 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	CLPS	P04118	112 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	CD33	P20138	364 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	RALGAPA1	Q6GYQ0	2036 aa		10.85	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV1-3	A0A0C4DH29	117 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	OOSP1	A8MZH6	123 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1D-12	P01611	117 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHG3	P01860	377 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	CMC4	P56277	68 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	PGPEP1L	A6NFU8	196 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM90A9P	A6NNJ1	464 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	TRGV11	A0A075B6L2	103 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	C15orf32	Q32M92	178 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	MS4A6A	Q9H2W1	248 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC01356	Q8N9X3	169 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF2	Q9Y5W3	355 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447	WFDC12	Q8WWY7	111 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PTPRF-215	ENST00000496447		M0R1W7	72 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PYY	P10082	97 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2DNL	Q8IWF7	75 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0A6YYD4	124 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SNAI2	O43623	268 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM50A	O95807	157 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CRP	P02741	224 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	HSD52	Q0P140	79 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTL10	Q5JWF8	245 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ORMDL3	Q8N138	153 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CD177	Q8N6Q3	437 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	COX11	Q9Y6N1	276 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	NYNRIN	Q9P2P1	1898 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	OVOL1	O14753	267 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CD55	P08174	381 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TCF23	Q7RTU1	214 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXC2	Q99958	501 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	MBNL3	Q9NUK0	354 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CACNG7	P62955	275 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SELENOK	Q9Y6D0	94 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ERVK11-1	P61568	191 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAS1	P54826	345 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	DTX2	Q86UW9	622 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	EPDR1	Q9UM22	224 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CNTFR	P26992	372 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	C10orf55	Q5SWW7	151 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ACACA	Q13085	2346 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	APOM	O95445	188 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PRR30	Q53SZ7	412 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFAND6	Q6FIF0	208 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF474	Q6S9Z5	364 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	VGLL1	Q99990	258 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	NCOR1	O75376	2440 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	HIGD1C	A8MV81	97 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PSPN	O60542	156 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PAX2	Q02962	417 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SRSF4	Q08170	494 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PSG8	Q9UQ74	426 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	COL8A2	P25067	703 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1D-8	A0A087WSZ0	117 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447		J3QRE1	110 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF415	Q09FC8	603 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GALT5-AS1	P59052	145 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	C3orf56	Q8N813	242 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAFA1	Q96PS6	74 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF5	Q99942	180 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	BORCS8-MEF2B	H3BNR1	382 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	LY6H	O94772	140 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP6	Q13023	2319 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1-27	A0A075B6S5	117 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV1-1	A0A0B4J248	108 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SAMD5	Q5TGI4	173 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAGE12B	A1L429	117 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CCL20	P78556	96 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SRSF7	Q16629	238 aa	Known RBP eCLIP	10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF223	E7ERA6	249 aa		10.8	□□□□□ -0.68

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