RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNIP4	Q6PIL6	250 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4C13	Q8NGP0	309 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NOL4L	Q96MY1	436 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NAV3	Q8IVL0	2385 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CAD	P27708	2225 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ZGRF1	Q86YA3	2104 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C19orf71	A6NCJ1	209 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		H0Y8G0	127 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CLEC3B	P05452	202 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GATA2	P23769	480 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL8	P62917	257 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CCL8	P80075	99 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GATD1	Q8NB37	220 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NBAS	A2RRP1	2371 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC17A3	O00476	420 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	APOH	P02749	345 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TNFRSF1A	P19438	455 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10J1	P30954	320 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX45	Q8NA69	505 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CFHR4	Q92496	578 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR5B12	Q96R08	314 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SRSF8	Q9BRL6	282 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TECR	Q9NZ01	308 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PPIAL4E	A0A075B759	164 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV5	A0A0B4J249	113 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PPIAL4D	F5H284	164 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C8orf88	P0DMB2	117 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PPIAL4F	P0DN26	164 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C1orf194	Q5T5A4	169 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RASL11A	Q6T310	242 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM168A	Q92567	244 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	URB1-AS1	Q96HZ7	61 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF2	Q99496	336 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TRGV9	Q99603	122 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SVIL	O95425	2214 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HSBP1L1	C9JCN9	74 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CCL21	O00585	134 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF90	Q03938	601 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CFAP161	Q6P656	301 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NUDT10	Q8NFP7	164 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	AJUBA	Q96IF1	538 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	AP1S3	Q96PC3	154 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFAF3	Q9BU61	184 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SAMD10	Q9BYL1	202 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		I3L2K1	104 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	KLF5	Q13887	457 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HINT2	Q9BX68	163 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM133	Q9H2Q1	129 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	WASHC3	Q9Y3C0	194 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ODF3B	A8MYP8	253 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR2J3	O76001	311 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PRB1	P04280	392 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CRYBB3	P26998	211 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10J3	Q5JRS4	329 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C10orf55	Q5SWW7	151 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM120AOS	Q5T036	256 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	DTX2	Q86UW9	622 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	MMD2	Q8IY49	270 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HARBI1	Q96MB7	349 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAPPC1	Q9Y5R8	145 aa		6.96	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NKX6-3	A6NJ46	265 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		F8W735	103 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TCTA	P57738	103 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM183B	Q1AE95	376 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	AMMECR1	Q9Y4X0	333 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PN81	502 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	BMPR1B	O00238	502 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	RBMXL2	O75526	392 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	LTA	P01374	205 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SMAGP	Q0VAQ4	97 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PSG5	Q15238	335 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF672	Q499Z4	452 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	C19orf35	Q6ZS72	473 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	FLYWCH2	Q96CP2	140 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	C17orf77	Q96MU5	243 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	COMMD5	Q9GZQ3	224 aa		6.96	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SPTBN1	Q01082	2364 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CUBN	O60494	3623 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFA3	O95167	84 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CBLN1	P23435	193 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CNTFR	P26992	372 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTDAP	P60985	99 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR27	Q6MZM9	219 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	COX8C	Q7Z4L0	72 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NEU1	Q99519	415 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL18	Q9H0U6	180 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	RNASE7	Q9H1E1	156 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM14C	Q9P0S9	112 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV2-26	A0A0B4J1V2	119 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	BUB1B-PAK6	H3BSN5	160 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NIT1	Q86X76	327 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8N6K4	173 aa		6.95	□□□□□ -1.3

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