RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540438.5

USP28-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 28, human

TSL 2

Gene USP28, Length 3,015 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP28-208	ENST00000540438	TEPP	Q6URK8	271 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	KIR3DL3	Q8N743	410 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	SEBOX	Q9HB31	216 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PPIAL4E	A0A075B759	164 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	ZNF320	A2RRD8	509 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PRSS46	E5RG02	174 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PPIAL4D	F5H284	164 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MB	P02144	154 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PPIAL4F	P0DN26	164 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CFHR2	P36980	270 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TDGF1P3	P51864	188 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	KDF1	Q8NAX2	398 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MALSU1	Q96EH3	234 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	SIRT7	Q9NRC8	400 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PPIAL4A	Q9Y536	164 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CDX1	P47902	265 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TCL1A	P56279	114 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	OCC1	Q8TAD7	63 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	P2RX4	Q99571	388 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	hADV38S2	A0JD32	116 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	GRIFIN	A4D1Z8	144 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PPP5D1	E7EU14	171 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PFN1	P07737	140 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RAB7A	P51149	207 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	FXYD3	Q14802	87 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TBR1	Q16650	682 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CENPV	Q7Z7K6	275 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	LINC01551	Q86U37	167 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	ZNF714	Q96N38	554 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MRPL36	Q9P0J6	103 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TOX4	O94842	621 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PNRC1	Q12796	327 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	KRTCAP3	Q53RY4	240 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TMEM106B	Q9NUM4	274 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TNFRSF1A	P19438	455 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	VWC2	Q2TAL6	325 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	HIST3H2BB	Q8N257	126 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TMEM14B	Q9NUH8	114 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CRYBB3	P26998	211 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	ZNF90	Q03938	601 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	SGMS2	Q8NHU3	365 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	COMMD5	Q9GZQ3	224 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438		S4R3C0	116 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	POLQ	O75417	2590 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438		A0A1B0GWJ7	208 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	XKRY2	A2RUG3	117 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CXorf65	A6NEN9	183 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	S100A8	P05109	93 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	GAMT	Q14353	236 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	UNQ6494/PRO21346	Q6UXR6	183 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	SLC25A48	Q6ZT89	311 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	FAM222B	Q8WU58	562 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RNASE6	Q93091	150 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MBD3L2B	A0A1B0GVZ6	204 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TMEM178B	H3BS89	294 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	HRAS	P01112	189 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	GATA4	P43694	442 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RTL8B	Q17RB0	113 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TUBG2	Q9NRH3	451 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	NKX6-3	A6NJ46	265 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MOS	P00540	346 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CA1	P00915	261 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	SMIM6	P0DI80	62 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PYY	P10082	97 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	GCHFR	P30047	84 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	NABP2	Q9BQ15	211 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PIEZO1	Q92508	2521 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CFAP46	Q8IYW2	2715 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	ZNF729	A6NN14	1252 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	NDUFB3	O43676	98 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RPP30	P78346	268 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	LEMD1	Q68G75	181 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	OR2T10	Q8NGZ9	312 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	13.72	□□□□□ -0.21	8e-9	■■■■□ 25.3
USP28-208	ENST00000540438	MYO18B	Q8IUG5	2567 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438		B4DEV8	164 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	UPK2	O00526	184 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	OPRK1	P41145	380 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	SUMO1	P63165	101 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	CR1L	Q2VPA4	569 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RAX	Q9Y2V3	346 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TMEM250	H0YL14	139 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	STAG3L2	P0CL84	134 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	STAG3L3	P0CL85	134 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RND2	P52198	227 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	NPIPB3	Q92617	1050 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	ASCL2	Q99929	193 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	RNASE7	Q9H1E1	156 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438		F6UZH7	168 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	IL3RA	P26951	378 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	MAS1L	P35410	378 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	WT1-AS	Q06250	92 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-208	ENST00000540438	FLYWCH2	Q96CP2	140 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21

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