RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	CCDC102A	Q96A19	550 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	IGSF3	O75054	1194 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PDE3A	Q14432	1141 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	NBR1	Q14596	966 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TEKT1	Q969V4	418 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MRI	Q9BWK5	157 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285		F8W031	263 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	WNT10B	O00744	389 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CA12	O43570	354 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	FGFR2	P21802	821 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MAP2K2	P36507	400 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CLCN6	P51797	869 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ATP8B2	P98198	1209 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CFAP100	Q494V2	611 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PSME4	Q14997	1843 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TRAF5	O00463	557 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HUNK	P57058	714 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	NOG	Q13253	232 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CDCA5	Q96FF9	252 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	OTUD5	Q96G74	571 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	GPR108	Q9NPR9	543 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SHTN1	A0MZ66	631 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	UNCX	A6NJT0	531 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SNAP23	O00161	211 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SPDYE6	P0CI01	402 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	BCAM	P50895	628 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	HTRA3	P83110	453 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CAPNS2	Q96L46	248 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GUL7	405 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ADM5	C9JUS6	153 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	GSTO1	P78417	241 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SSH3	Q8TE77	659 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	VEZT	Q9HBM0	779 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SCN9A	Q15858	1988 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	LDHC	P07864	332 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CRK	P46108	304 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	VEGFB	P49765	207 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TFCP2	Q12800	502 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	GRM1	Q13255	1194 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CST9	Q5W186	159 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	RGMB	Q6NW40	437 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	DCBLD2	Q96PD2	775 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	MXD3	Q9BW11	206 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CCDC102B	Q68D86	513 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CERS5	Q8N5B7	392 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	PANK1	Q8TE04	598 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	XAGE2	Q96GT9	111 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	JAG2	Q9Y219	1238 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TRPM7	Q96QT4	1865 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	RAB11FIP3	O75154	756 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	EGFR	P00533	1210 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GUL6	1792 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		10.61	□□□□□ -0.71

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