RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	DUSP13	Q9UII6	198 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FZR1	Q9UM11	496 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PUS1	Q9Y606	427 aa	Known RBP eCLIP	5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RFNG	Q9Y644	331 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SHANK1	Q9Y566	2161 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TRGV10	A0A0A0MS01	117 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-43	A0A0B4J1X8	118 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GV50	99 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PPE2	198 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF729	A6NN14	1252 aa	Predicted RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00473	A8K010	186 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CEBPZOS	A8MTT3	80 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		A8MXE2	369 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM250	H0YL14	139 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MKRN2OS	H3BPM6	223 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZG16	O60844	167 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR2C1	O95371	312 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CYB5R3	P00387	301 aa	Predicted RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CD55	P08174	381 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-43D	P0DP04	118 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	NQO2	P16083	231 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FGF7	P21781	194 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LOXL3	P58215	753 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	DLK1	P80370	383 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TNFAIP6	P98066	277 aa	Predicted RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	POU2AF1	Q16633	256 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ACOT6	Q3I5F7	207 aa	Predicted RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR2B11	Q5JQS5	317 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PRAMEF5	Q5TYX0	476 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TEX36	Q5VZQ5	186 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FAM90A2P	Q658T7	463 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	NCR3LG1	Q68D85	454 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR8G2P	Q6IF36	304 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LCN15	Q6UWW0	184 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	BTNL3	Q6UXE8	466 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	HEPN1	Q6WQI6	88 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ETV3L	Q6ZN32	361 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MOGAT3	Q86VF5	341 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LRP11	Q86VZ4	500 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TPRX1	Q8N7U7	411 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CYB561D1	Q8N8Q1	229 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF709	Q8N972	641 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR10A7	Q8NGE5	316 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR13D1	Q8NGV5	346 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR4S2	Q8NH73	311 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CA5BP1	Q8WTZ4	195 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ITLN1	Q8WWA0	313 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	DDB2	Q92466	427 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CORO2A	Q92828	525 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RAB1C	Q92928	201 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	S1PR3	Q99500	378 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	C20orf24	Q9BUV8	137 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ACTR3C	Q9C0K3	210 aa	Predicted RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF665	Q9H7R5	613 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SLC39A9	Q9NUM3	307 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GNG13	Q9P2W3	67 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CLN8	Q9UBY8	286 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	WDR83OS	Q9Y284	106 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FREM1	Q5H8C1	2179 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GPR179	Q6PRD1	2367 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	KBTBD11-OT1	A0A1B0GTJ5	212 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SMCO3	A2RU48	225 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	C5orf52	A6NGY3	159 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	NKX6-3	A6NJ46	265 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZFP92	A6NM28	416 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	C15orf62	A8K5M9	175 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SEC14L6	B5MCN3	397 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FNDC10	F2Z333	226 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		M0R1X1	148 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2C	O00762	179 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PRRG2	O14669	202 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CYB5B	O43169	146 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	KLK10	O43240	276 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SPRY3	O43610	288 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FCGR3B	O75015	233 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV1-46	P01743	117 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TFF1	P04155	84 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	S100A6	P06703	90 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR9G9	P0C7N8	305 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SMIM6	P0DI80	62 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IRF2	P14316	349 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CD40	P25942	277 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	AKR1C3	P42330	323 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	VDAC2	P45880	294 aa	Predicted RBP	5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PSMB3	P49720	205 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TDGF1P3	P51864	188 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RND2	P52198	227 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ELL	P55199	621 aa	Predicted RBP	5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ATP5I	P56385	69 aa	Predicted RBP	5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TMPRSS3	P57727	454 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR2B8P	P59922	312 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	S100A12	P80511	92 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	C17orf58	Q2M2W7	97 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ACSM6	Q6P461	480 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM108	Q6UXF1	575 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CYP2G1P	Q6ZSU1	146 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR10G9	Q8NGN4	311 aa		5.18	□□□□□ -1.58

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