RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 RAX2Q96IS3 184 aa14.47□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 PGLYRP3Q96LB9 341 aa14.47□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 GNG12Q9UBI6 72 aa14.47□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 TRBV5-7A0A0A0MS05 114 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-43A0A0B4J1X8 118 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 LINC01548A6NM66 108 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 LANCL1O43813 399 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 GABARAPO95166 117 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 LALBAP00709 142 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 IGF1P05019 195 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-43DP0DP04 118 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 SOX6P35712 828 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 TRIM16LQ309B1 348 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 RAB12Q6IQ22 244 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 GLIPR1L1Q6UWM5 242 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 NKAIN3Q8N8D7 197 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 ZNF485Q8NCK3 441 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 OR5M8Q8NGP6 311 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 OR13C5Q8NGS8 318 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 CLEC2DQ9UHP7 191 aa14.46□□□□□ -0.09
CLN3-241ENST00000635861 IGHG4P01861 327 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 RPLP1P05386 114 aaKnown RBP14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CD1AP06126 327 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 VDAC1P21796 283 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CFHR3Q02985 330 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 DOC2BQ14184 412 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 C9orf66Q5T8R8 295 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 AWAT2Q6E213 333 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 C11orf87Q6NUJ2 197 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 JAGN1Q8N5M9 183 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ORAI1Q96D31 301 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 WWC2-AS2Q96NR7 200 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 GHRLQ9UBU3 117 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 SORL1Q92673 2214 aa14.45□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 TRAV8-7A0A075B6U6 113 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 HBZP02008 142 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 NHLRC4P0CG21 123 aaPredicted RBP14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 FUT3P21217 361 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 TBCEQ15813 527 aaPredicted RBP14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CT45A1Q5HYN5 189 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 LY6G6FQ5SQ64 297 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 NANOGP1Q8N7R0 232 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ZBTB8BQ8NAP8 495 aaPredicted RBP14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 OR4K15Q8NH41 348 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CT45A3Q8NHU0 189 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 UBALD1Q8TB05 177 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 OR14A2Q96R54 314 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 FUNDC2Q9BWH2 189 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CCDC90BQ9GZT6 254 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MBNL3Q9NUK0 354 aaKnown RBP14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 RHBDL2Q9NX52 303 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 JPT1Q9UK76 154 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 PEX16Q9Y5Y5 336 aa14.44□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 SLC31A2O15432 143 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MGMTP16455 207 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MAPK3P27361 379 aaPredicted RBP14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 BCAP31P51572 246 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ZNF134P52741 427 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 C4orf3Q8WVX3 66 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 Q96M66 194 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 UQCC2Q9BRT2 126 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 KCNIP1Q9NZI2 227 aa14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 LSM2Q9Y333 95 aaKnown RBP14.43□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ZNF182P17025 639 aaPredicted RBP14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 PSMB8P28062 276 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CD40LGP29965 261 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 RAB25P57735 213 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 HTD2P86397 168 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 FHL3Q13643 280 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 TIMM50Q3ZCQ8 353 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MORN2Q502X0 79 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 LCNL1Q6ZST4 164 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 LYPD6Q86Y78 171 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 DERL3Q96Q80 235 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 SELENOIQ9C0D9 397 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ACOT13Q9NPJ3 140 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 OR2S2Q9NQN1 319 aa14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ZNF107Q9UII5 783 aaPredicted RBP14.42□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 PNMA8CA0A1B0GUJ8 204 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 ZNF736B4DX44 427 aaPredicted RBP14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 RGS11O94810 467 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MAP2K4P45985 399 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 F2RL1P55085 397 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 FAM53AQ6NSI3 398 aaPredicted RBP14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CENPSQ8N2Z9 138 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 PRR18Q8N4B5 295 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 OR10V1Q8NGI7 309 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 OR1L1Q8NH94 360 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MYOZ3Q8TDC0 251 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 DUX3Q96PT4 197 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 HSPB9Q9BQS6 159 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MND1Q9BWT6 205 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CST11Q9H112 138 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 TAF9BQ9HBM6 251 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 hCG_2014768A0A024R1R8 64 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MYL12BO14950 172 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 YPEL1O60688 119 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 PDCD6O75340 191 aa14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 CRTAPO75718 401 aaPredicted RBP14.41□□□□□ -0.1
CLN3-241ENST00000635861 MAS1P04201 325 aa14.41□□□□□ -0.1
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.2 ms