RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	MEIKIN	A0A087WXM9	373 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TRGV10	A0A0A0MS01	117 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	KIR2DS1	A0A191URI9	304 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	UBE2QL1	A1L167	161 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DPPA5	A6NC42	116 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		H3BMQ9	156 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PDCD6	O75340	191 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PAH	P00439	452 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PRB2	P02812	416 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TFF1	P04155	84 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MELTF	P08582	738 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GZMH	P20718	246 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ERP29	P30040	261 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MNDA	P41218	407 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MEF2C	Q06413	473 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	AES	Q08117	197 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DYNC1I2	Q13409	638 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ARFRP1	Q13795	201 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SPCS2	Q15005	226 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GPR157	Q5UAW9	335 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	METTL11B	Q5VVY1	283 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF841	Q6ZN19	808 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SAMD12	Q8N8I0	201 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR4S1	Q8NGB4	309 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR10R2	Q8NGX6	335 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NDNF	Q8TB73	568 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RAB3C	Q96E17	227 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CMTM3	Q96MX0	182 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PCGF1	Q9BSM1	259 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DCTN5	Q9BTE1	182 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TM2D1	Q9BX74	207 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LPAR5	Q9H1C0	372 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PPA2	Q9H2U2	334 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RIMS4	Q9H426	269 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	IFT22	Q9H7X7	185 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR6C3	Q9NZP0	311 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF222	Q9UK12	451 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TRAPPC2L	Q9UL33	140 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		A0A0B4J203	849 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TMEM30CP	A0ZSE6	113 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SOCS1	O15524	211 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CA11	O75493	328 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA7	O95182	113 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CD3G	P09693	182 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	AMY2B	P19961	511 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	S100A5	P33763	92 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ARF6	P62330	175 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	QRFP	P83859	136 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	UNC119	Q13432	240 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ATXN7L3	Q14CW9	347 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CDNF	Q49AH0	187 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	UBE2NL	Q5JXB2	153 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SLC35E4	Q6ICL7	350 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NR2C2AP	Q86WQ0	139 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	FAM89B	Q8N5H3	189 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LINC01006	Q8NI28	216 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SETD6	Q8TBK2	473 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LGALS14	Q8TCE9	139 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C15orf40	Q8WUR7	153 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DACT3	Q96B18	629 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	FAAP24	Q9BTP7	215 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GAL3ST2	Q9H3Q3	398 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	KCNK15	Q9H427	330 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RHBDL2	Q9NX52	303 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CTSZ	Q9UBR2	303 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RPUSD1	Q9UJJ7	312 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	HSF4	Q9ULV5	492 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NOTCH3	Q9UM47	2321 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TRAV18	A0A075B6X5	111 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		A0A0A6YYH2	397 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TRAV24	A0A0B4J272	114 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GW55	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		A6NJ64	397 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LDLRAD4	O15165	306 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SPINT2	O43291	252 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF737	O75373	536 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TOX4	O94842	621 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CSN2	P05814	226 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L2	P0CJ85	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L3	P0CJ86	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L4	P0CJ87	422 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L5	P0CJ88	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L6	P0CJ89	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L7	P0CJ90	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SELL	P14151	372 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PI3	P19957	117 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR3A1	P47881	315 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GLIPR1	P48060	266 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	EFNB2	P52799	333 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	P2RX3	P56373	397 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PITPNA	Q00169	270 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TMEM200B	Q69YZ2	307 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TRAT1	Q6PIZ9	186 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4L9	Q6RFH8	374 aa	Predicted RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	METAP1D	Q6UB28	335 aa	Predicted RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C6orf201	Q7Z4U5	140 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR5H6	Q8NGV6	325 aa		7.12	□□□□□ -1.27

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