RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	RBM39	Q14498	530 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ATXN7L3	Q14CW9	347 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	C17orf58	Q2M2W7	97 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	RNF144B	Q7Z419	303 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OSR2	Q8N2R0	312 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PXT1	Q8NFP0	134 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	KIRREL1	Q96J84	757 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	GPR61	Q9BZJ8	451 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	LINC00574	Q9H8X3	128 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	INPP5E	Q9NRR6	644 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ING3	Q9NXR8	418 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MOB4	Q9Y3A3	225 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	HSPE1-MOB4	S4R3N1	261 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422		H0YJX3	145 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422		J3QR06	171 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MPZL2	O60487	215 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	FADS2	O95864	444 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MPIG6B	O95866	241 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC159	P0C7I6	412 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CGB3	P0DN86	165 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CGB7	P0DN87	165 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ALDH3A2	P51648	485 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PAX5	Q02548	391 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	C9orf152	Q5JTZ5	239 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF691	Q5VV52	312 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SLC16A12	Q6ZSM3	486 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR10A7	Q8NGE5	316 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	TOMM40L	Q969M1	308 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	LGALS12	Q96DT0	336 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422		Q96MT0	163 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ALG8	Q9BVK2	526 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PPIL3	Q9H2H8	161 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A18P	A6NE21	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A16P	A6NEW6	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A20P	A6NIJ5	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A9P	A6NNJ1	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A12P	A8MX19	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A5P	A8MXJ8	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	EI24	O14681	340 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	MAGEB3	O15480	346 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ZFPL1	O95159	310 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A15P	P0C7V4	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A13P	P0C7W8	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A14P	P0C7W9	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A24P	P0C7X0	464 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	KCNJ3	P48549	501 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	RAB7A	P51149	207 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	PAN3	Q58A45	887 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	KHDC1L	Q5JSQ8	128 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	OR51D1	Q8NGF3	324 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	CNIH3	Q8TBE1	160 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	PYDC1	Q8WXC3	89 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	CALY	Q9NYX4	217 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	DHDH	Q9UQ10	334 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	MEIKIN	A0A087WXM9	373 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	PSMB11	A5LHX3	300 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	RAB3A	P20336	220 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	SLC6A1	P30531	599 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	GLP1R	P43220	463 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	RAB40B	Q12829	278 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	MADCAM1	Q13477	382 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	IL13RA2	Q14627	380 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ZIK1	Q3SY52	487 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ZFP1	Q6P2D0	407 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	OR8H3	Q8N146	312 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422		Q8NFD4	153 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	CHPT1	Q8WUD6	406 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ISG20L2	Q9H9L3	353 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	IDI2-AS1	Q9NZ38	188 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	KIF25	Q9UIL4	384 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	GMPPB	Q9Y5P6	360 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	COL7A1	Q02388	2944 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	TRAV24	A0A0B4J272	114 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	SH2D7	A6NKC9	451 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	NPIPB11	E5RHQ5	1161 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422		K7EIL1	84 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	HSPB6	O14558	160 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	FGF16	O43320	207 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	IL1A	P01583	271 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	SNRNP70	P08621	437 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	GABRB1	P18505	474 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF529	Q6P280	563 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	C10orf99	Q6UWK7	81 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	OR13A1	Q8NGR1	328 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	OR56B4	Q8NH76	319 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	TSEN15	Q8WW01	171 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	DPF1	Q92782	380 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	NR1H4	Q96RI1	486 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	GPER1	Q99527	375 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ZFP57	Q9NU63	452 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	ERVK13-1	Q9NX77	482 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	PSG11	Q9UQ72	335 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM11	P17152	192 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	EGFEM1P	Q0D2K5	195 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	RSU1	Q15404	277 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	VAX1	Q5SQQ9	334 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-231	ENST00000568422	UTF1	Q5T230	341 aa		13.36	□□□□□ -0.27

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