RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP20.48■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 CNNM1Q9NRU3 951 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 IL1R1P14778 569 aa20.47■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 MMP14P50281 582 aa20.47■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 ZNF804AQ7Z570 1209 aa20.47■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 SUCLG2Q96I99 432 aa20.47■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 PUS3Q9BZE2 481 aaKnown RBP20.47■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 DEFB129Q9H1M3 183 aa20.47■□□□□ 0.87
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CLN3-246ENST00000636228 CFAP100Q494V2 611 aa20.46■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 ARMC9Q7Z3E5 817 aa20.46■□□□□ 0.87
CLN3-246ENST00000636228 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa20.46■□□□□ 0.87
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CLN3-246ENST00000636228 AOX1Q06278 1338 aa20.46■□□□□ 0.87
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CLN3-246ENST00000636228 PRMT6Q96LA8 375 aaPredicted RBP20.45■□□□□ 0.86
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CLN3-246ENST00000636228 TM4SF4P48230 202 aa20.44■□□□□ 0.86
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CLN3-246ENST00000636228 LDLRAD1Q5T700 205 aa20.44■□□□□ 0.86
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CLN3-246ENST00000636228 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP20.43■□□□□ 0.86
CLN3-246ENST00000636228 MTMR14Q8NCE2 650 aa20.43■□□□□ 0.86
CLN3-246ENST00000636228 ZNF296Q8WUU4 475 aaPredicted RBP20.43■□□□□ 0.86
CLN3-246ENST00000636228 R3HDMLQ9H3Y0 253 aa20.43■□□□□ 0.86
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CLN3-246ENST00000636228 SPDYE6P0CI01 402 aa20.42■□□□□ 0.86
CLN3-246ENST00000636228 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP20.41■□□□□ 0.86
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CLN3-246ENST00000636228 SLC10A4Q96EP9 437 aa20.41■□□□□ 0.86
CLN3-246ENST00000636228 CLMNQ96JQ2 1002 aa20.41■□□□□ 0.86
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CLN3-246ENST00000636228 IQSEC3Q9UPP2 1182 aaPredicted RBP20.39■□□□□ 0.85
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CLN3-246ENST00000636228 LRRC24Q50LG9 513 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 MFSD14BQ5SR56 506 aa20.38■□□□□ 0.85
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CLN3-246ENST00000636228 TDRD3Q9H7E2 651 aaKnown RBP20.37■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 PPP2R3BQ9Y5P8 575 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 AKAP11Q9UKA4 1901 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 UTYO14607 1347 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 USP2O75604 605 aaPredicted RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 MAP3K11Q16584 847 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 SUPT20HL1Q3ZLR7 823 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 ZNF70Q9UC06 446 aaPredicted RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 COL1A1P02452 1464 aaPredicted RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 CDAN1Q8IWY9 1227 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 SSH1Q8WYL5 1049 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 WNK4Q96J92 1243 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 MROH5Q6ZUA9 1318 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 CACNA1FO60840 1977 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 FKTNO75072 461 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 METTL24Q5JXM2 366 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 IFNL1Q8IU54 200 aa20.34■□□□□ 0.85
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CLN3-246ENST00000636228 TCP10L2B9ZVM9 353 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP20.33■□□□□ 0.85
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CLN3-246ENST00000636228 SPDYE2Q495Y8 402 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 FBXO33Q7Z6M2 555 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 VPS37DQ86XT2 251 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 SERPINA10Q9UK55 444 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-246ENST00000636228 A0A1B0GUL6 1792 aa20.33■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 CRKP46108 304 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 IREB2P48200 963 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 BCAMP50895 628 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 PKN2Q16513 984 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 USP44Q9H0E7 712 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 ZBTB48P10074 688 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 INHBEP58166 350 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 VGLL2Q8N8G2 317 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 CDCA7LQ96GN5 454 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 CFHR5Q9BXR6 569 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-246ENST00000636228 TMEM39BQ9GZU3 492 aa20.31■□□□□ 0.84
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