RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601816.3

PNKP-216, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 682 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-216	ENST00000601816	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	JAG2	Q9Y219	1238 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	RGMB	Q6NW40	437 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	32.61	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	PDE8B	O95263	885 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	DLGAP5	Q15398	846 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816		F8W031	263 aa	Predicted RBP	32.59	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	32.59	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	NOG	Q13253	232 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	LBX1	P52954	281 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	VPS37D	Q86XT2	251 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	EYA2	O00167	538 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	FKBP1B	P68106	108 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	CCDC102A	Q96A19	550 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	MEIS3	Q99687	375 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	CFAP100	Q494V2	611 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	NF2	P35240	595 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	BCAR3	O75815	825 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	32.52	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	32.52	■■■□□ 2.8
PNKP-216	ENST00000601816	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	CA12	O43570	354 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	MYO1B	O43795	1136 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	SPDYE6	P0CI01	402 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	ZIC5	Q96T25	663 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	FBXO3	Q9UK99	471 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	GNAI3	P08754	354 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	SLC10A3	P09131	477 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	TRIM27	P14373	513 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	FGFR2	P21802	821 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	SIL1	Q9H173	461 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	32.5	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	MOB2	Q70IA6	237 aa		32.49	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		32.49	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	CIAO1	O76071	339 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	SLC5A1	P13866	664 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	BCAM	P50895	628 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	32.48	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	CLRN2	A0PK11	232 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	LPIN2	Q92539	896 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	32.46	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	TSKS	Q9UJT2	592 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	VEZT	Q9HBM0	779 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	TNN	Q9UQP3	1299 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PNKP-216	ENST00000601816	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	32.44	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	32.43	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	COPRS	Q9NQ92	184 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	AOX1	Q06278	1338 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	ATP2B3	Q16720	1220 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	CRK	P46108	304 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	PRKG1	Q13976	671 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	GRIK5	Q16478	980 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	SRGAP3	O43295	1099 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	CAPN15	O75808	1086 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PNKP-216	ENST00000601816	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	32.39	■■■□□ 2.78

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