RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		28.75	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	28.74	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	FZD1	Q9UP38	647 aa		28.74	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		28.73	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	28.73	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	GPR25	O00155	361 aa		28.72	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	SREBF2	Q12772	1141 aa		28.72	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	28.72	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	28.72	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	SPRYD7	Q5W111	196 aa		28.72	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		28.72	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168		F8W031	263 aa	Predicted RBP	28.71	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	GRM8	O00222	908 aa		28.71	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	28.71	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		28.71	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		28.71	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	28.71	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	CFAP100	Q494V2	611 aa		28.7	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	28.7	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		28.7	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		28.7	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	ANP32C	O43423	234 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	PLIN1	O60240	522 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SPDYE6	P0CI01	402 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	MAP3K11	Q16584	847 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	JAG2	Q9Y219	1238 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	CLRN2	A0PK11	232 aa		28.68	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		28.68	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		28.68	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		28.68	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		28.68	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	AOX1	Q06278	1338 aa		28.68	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	28.67	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		28.67	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	MYO1B	O43795	1136 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	ALDH1L1	O75891	902 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	28.65	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168		A0A1B0GUL6	1792 aa		28.65	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	FKTN	O75072	461 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SUPT20HL1	Q3ZLR7	823 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	28.64	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	SRCIN1	Q9C0H9	1055 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	VEZT	Q9HBM0	779 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP4-208	ENST00000464168	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		28.64	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	28.63	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	ALDH1A1	P00352	501 aa		28.63	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	INHBE	P58166	350 aa		28.63	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	28.63	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	KAZALD1	Q96I82	304 aa		28.63	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	28.63	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	UNCX	A6NJT0	531 aa		28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	UBE4A	Q14139	1066 aa		28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	IFNL1	Q8IU54	200 aa		28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	WNK4	Q96J92	1243 aa		28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	28.62	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	GYG1	P46976	350 aa		28.61	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	RASA3	Q14644	834 aa		28.61	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	SUCLG2	Q96I99	432 aa		28.61	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	28.61	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	28.6	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	28.6	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		28.6	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	28.59	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		28.59	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		28.59	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	28.58	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	28.58	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	28.58	■■■□□ 2.17
USP4-208	ENST00000464168	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		28.57	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	28.57	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		28.57	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		28.57	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	UTY	O14607	1347 aa		28.57	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	HTT	P42858	3142 aa		28.56	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	GJA5	P36382	358 aa		28.56	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	28.55	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	TNFAIP1	Q13829	316 aa		28.54	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	28.54	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		28.54	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	28.54	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		28.53	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	ZNF521	Q96K83	1311 aa		28.53	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	28.53	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		28.53	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	TEPSIN	Q96N21	525 aa		28.53	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	GRIK5	Q16478	980 aa		28.52	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		28.52	■■■□□ 2.16
USP4-208	ENST00000464168	CRK	P46108	304 aa		28.51	■■■□□ 2.15
USP4-208	ENST00000464168	LRRC24	Q50LG9	513 aa		28.51	■■■□□ 2.15
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		28.51	■■■□□ 2.15
USP4-208	ENST00000464168	PTPN18	Q99952	460 aa		28.51	■■■□□ 2.15
USP4-208	ENST00000464168	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	28.5	■■■□□ 2.15
USP4-208	ENST00000464168	OTOP1	Q7RTM1	612 aa		28.5	■■■□□ 2.15

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.1 ms