RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	ORC6	Q9Y5N6	252 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422		A0A087X0M5	115 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422		A0A1B0GX30	115 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422		A0A1W2PRX2	142 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	ODAM	A1E959	279 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	BUB1B-PAK6	H3BSN5	160 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	IGKV1D-12	P01611	117 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF44	P15621	663 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	MNDA	P41218	407 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	GLIPR1	P48060	266 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	NANOS3	P60323	173 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	SNRPG	P62308	76 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	ABCA11P	Q4W5N1	156 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	KRBOX4	Q5JUW0	171 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	FOXB2	Q5VYV0	432 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	ACBD7	Q8N6N7	88 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	RNFT2	Q96EX2	444 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	OR6C3	Q9NZP0	311 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-231	ENST00000568422	TCRBV4S1A1T	A0A5B7	111 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF729	A6NN14	1252 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CD24	P25063	80 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SLC35A2	P78381	396 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SCN1B	Q07699	218 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	HLA-DRB5	Q30154	266 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	BAIAP2L2	Q6UXY1	529 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR13C9	Q8NGT0	318 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	RFT1	Q96AA3	541 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PELI1	Q96FA3	418 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZCCHC4	Q9H5U6	513 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PCDHB16	Q9NRJ7	776 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SAC3D1	A6NKF1	404 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR4C45	A6NMZ5	311 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	LY6L	H3BQJ8	138 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422		J3QLW9	94 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	DEGS1	O15121	323 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CLIC3	O95833	236 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PF4	P02776	101 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ALPL	P05186	524 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	LPL	P06858	475 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	FAM106CP	P0CH98	169 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	DBT	P11182	482 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	IGLL1	P15814	213 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF19	P17023	458 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ALKBH1	Q13686	389 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	TCTEX1D4	Q5JR98	221 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	TPTE2P1	Q5T6R2	138 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422		Q6P435	159 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC121	Q6ZUS5	278 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SERPINA12	Q8IW75	414 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF565	Q8N9K5	539 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR51A4	Q8NGJ6	313 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR5D18	Q8NGL1	313 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR5D14	Q8NGL3	314 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR10AC1	Q8NH08	325 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MYDGF	Q969H8	173 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	COQ2	Q96H96	371 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	RCC1L	Q96I51	464 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	C4orf36	Q96KX1	117 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SPACA5	Q96QH8	159 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	NCOR1P1	Q9H4R4	102 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF286A	Q9HBT8	521 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	EXOG	Q9Y2C4	368 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	KBTBD11-OT1	A0A1B0GTJ5	212 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CIB2	O75838	187 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	AMY1A	P04745	511 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	AMY2A	P04746	511 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	HCK	P08631	526 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM225B	P0DP42	221 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MTNR1B	P49286	362 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MRPL28	Q13084	256 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	THNSL2	Q86YJ6	484 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR9G1	Q8NH87	305 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	DNAH3	Q8TD57	4116 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CPNE2	Q96FN4	548 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	MYRF	Q9Y2G1	1151 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	AMMECR1	Q9Y4X0	333 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	FAM172BP	A6NC97	362 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SULT1B1	O43704	296 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	GDNF	P39905	211 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	GALE	Q14376	348 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	CDK5R1	Q15078	307 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	KISS1	Q15726	138 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ELP2	Q6IA86	826 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	SYS1	Q8N2H4	156 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	PARP16	Q8N5Y8	322 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR51T1	Q8NGJ9	327 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	HAVCR2	Q8TDQ0	301 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	RPE	Q96AT9	228 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	BARHL1	Q9BZE3	327 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM212	A6NML5	194 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422		E9PQ18	207 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	NFYB	P25208	207 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	C21orf33	P30042	268 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	OR3A4P	P47883	348 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-231	ENST00000568422	ZP1	P60852	638 aa		13.41	□□□□□ -0.26

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