RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566083.6

CLN3-222, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,409 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-222	ENST00000566083	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	NCOR1P1	Q9H4R4	102 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	PCDHB16	Q9NRJ7	776 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	ODAM	A1E959	279 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	EI24	O14681	340 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	DEGS1	O15121	323 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	MAGEB3	O15480	346 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	CCDC159	P0C7I6	412 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	MNDA	P41218	407 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	PTGFR	P43088	359 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	MTNR1B	P49286	362 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	SNU13	P55769	128 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	BLCAP	P62952	87 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	AES	Q08117	197 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	KRBOX4	Q5JUW0	171 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	OR5AU1	Q8NGC0	362 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	PYDC1	Q8WXC3	89 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	ALG8	Q9BVK2	526 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083	GMPPB	Q9Y5P6	360 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-222	ENST00000566083		A0A087X0M5	115 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083		A0A1B0GX30	115 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SULT1B1	O43704	296 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR2F2	O95006	317 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	IGKV1D-12	P01611	117 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	IGLV1-47	P01700	117 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	HCK	P08631	526 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	TMEM225B	P0DP42	221 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CD83	Q01151	205 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	KISS1	Q15726	138 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CENPV	Q7Z7K6	275 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	PARP16	Q8N5Y8	322 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	RFT1	Q96AA3	541 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	LGALS12	Q96DT0	336 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR5M11	Q96RB7	305 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OCSTAMP	Q9BR26	566 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	MMP28	Q9H239	520 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	NECAP2	Q9NVZ3	263 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	DHDH	Q9UQ10	334 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	AMMECR1	Q9Y4X0	333 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083		E9PQ18	207 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	MMP23A	O75900	390 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	GLIPR1	P48060	266 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	KCNJ3	P48549	501 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SCN1B	Q07699	218 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	RAB40B	Q12829	278 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	HLA-DRB5	Q30154	266 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	PRAMEF5	Q5TYX0	476 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	ELP2	Q6IA86	826 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	PXT1	Q8NFP0	134 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR51A4	Q8NGJ6	313 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR5D18	Q8NGL1	313 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	RBM14	Q96PK6	669 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	C9orf16	Q9BUW7	83 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	BARHL1	Q9BZE3	327 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	MYRF	Q9Y2G1	1151 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	KBTBD11-OT1	A0A1B0GTJ5	212 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	BUB1B-PAK6	H3BSN5	160 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	PIN1P1	O15428	100 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	FAM106CP	P0CH98	169 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CALCB	P10092	127 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	C21orf33	P30042	268 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	ZIK1	Q3SY52	487 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	KLHL22	Q53GT1	634 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083		Q6P435	159 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	LYG1	Q8N1E2	194 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CBR4	Q8N4T8	237 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	WFDC9	Q8NEX5	89 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR10AC1	Q8NH08	325 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR9G1	Q8NH87	305 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	TSEN15	Q8WW01	171 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SGCD	Q92629	289 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SPACA5	Q96QH8	159 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SLC25A33	Q9BSK2	321 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	RPL36	Q9Y3U8	105 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	ZFPL1	O95159	310 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CLIC3	O95833	236 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CD2	P06729	351 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	PF4V1	P10720	104 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	CD33	P20138	364 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	RAB3A	P20336	220 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	ZP1	P60852	638 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	PAX5	Q02548	391 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	IL13RA2	Q14627	380 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	TPTE2P1	Q5T6R2	138 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF691	Q5VV52	312 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	SLC16A12	Q6ZSM3	486 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	THNSL2	Q86YJ6	484 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR10A7	Q8NGE5	316 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	OR51T1	Q8NGJ9	327 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	RHOXF1	Q8NHV9	184 aa		11.93	□□□□□ -0.5
CLN3-222	ENST00000566083	MRPS18A	Q9NVS2	196 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5

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