RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	NOP16	Q9Y3C1	178 aa	Known RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		A0A0U1RQV5	110 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	WNT9B	O14905	357 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SYT7	O43581	403 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-13	P01766	116 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OCM2	P0CE71	109 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OCM	P0CE72	109 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LIMS3	P0CW19	117 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LIMS4	P0CW20	117 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	HSMCR30	P0CW71	290 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PSKH1	P11801	424 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V1B1	P15313	513 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PCMT1	P22061	227 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	COL8A2	P25067	703 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	C21orf33	P30042	268 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GNAL	P38405	381 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	COMP	P49747	757 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CCR9	P51686	369 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	WNT4	P56705	351 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GABARAPL2	P60520	117 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ERVS71-1	P61550	626 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC35A2	P78381	396 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MZT1	Q08AG7	82 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RIPPLY1	Q0D2K3	151 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ALKBH1	Q13686	389 aa	Known RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GK2	Q14410	553 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ODF4	Q2M2E3	257 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SNAI3	Q3KNW1	292 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ALKBH6	Q3KRA9	238 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP27-1	Q3LI81	207 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RNLS	Q5VYX0	342 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR2T2	Q6IF00	324 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LAIR2	Q6ISS4	152 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAHD2B	Q6P2I3	314 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RPL22L1	Q6P5R6	122 aa	Known RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FBXW12	Q6X9E4	464 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	COLCA1	Q6ZS62	124 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KLB	Q86Z14	1044 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ELMOD2	Q8IZ81	293 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR5AS1	Q8N127	324 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NANOGP1	Q8N7R0	232 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CSNK2A3	Q8NEV1	391 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR13G1	Q8NGZ3	307 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR52N1	Q8NH53	320 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CLDND2	Q8NHS1	167 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZFAND2B	Q8WV99	257 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RORB	Q92753	470 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TMEM186	Q96B77	213 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAHD2A	Q96GK7	314 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CDCA4	Q9BXL8	241 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MRPL37	Q9BZE1	423 aa	Known RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A4	Q9H015	551 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DUSP21	Q9H596	190 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ISG20L2	Q9H9L3	353 aa	Known RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NEK6	Q9HC98	313 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FKBP14	Q9NWM8	211 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	UBAP1	Q9NZ09	502 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TREM2	Q9NZC2	230 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CGGBP1	Q9UFW8	167 aa	Predicted RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NUFIP1	Q9UHK0	495 aa	Known RBP	7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CLEC2D	Q9UHP7	191 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC8	Q9ULC8	765 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TRRAP	Q9Y4A5	3859 aa		7.39	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TMEM212	A6NML5	194 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TRIM77	I1YAP6	450 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520		M0R233	179 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	P2RY10	O00398	339 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CLPTM1	O96005	669 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	UBC	P0CG48	685 aa	Known RBP	7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GPR6	P46095	362 aa	Predicted RBP	7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TGM4	P49221	684 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF81	P51508	661 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF92	Q03936	586 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PSG7	Q13046	419 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SPHAR	Q15513	63 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GLYATL3	Q5SZD4	288 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF684	Q5T5D7	378 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR2G6	Q5TZ20	316 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RFPL4B	Q6ZWI9	263 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DOK3	Q7L591	496 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LRP11	Q86VZ4	500 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CATSPERD	Q86XM0	798 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SPERT	Q8NA61	448 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR8G5	Q8NG78	346 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR8B12	Q8NGG6	310 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR2G2	Q8NGZ5	317 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR2AE1	Q8NHA4	323 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR51E1	Q8TCB6	317 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAM216A	Q8WUB2	273 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PELI1	Q96FA3	418 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAM71F1	Q96KD3	344 aa	Predicted RBP	7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NR1H4	Q96RI1	486 aa	Predicted RBP	7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	EGLN1	Q9GZT9	426 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHA1	Q9HB21	404 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GPR84	Q9NQS5	396 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ACOXL	Q9NUZ1	547 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAM206A	Q9NX38	181 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PRR13	Q9NZ81	148 aa		7.38	□□□□□ -1.23

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