RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 ERVFC1P60507 584 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 KLHDC1Q8N7A1 406 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 NECAP1Q8NC96 275 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 OR5D13Q8NGL4 314 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TMEM18Q96B42 140 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 GFRALQ6UXV0 394 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ZNF788Q6ZQV5 615 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 SDF2Q99470 211 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PLA2G12AQ9BZM1 189 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 LYRM2Q9NU23 88 aaPredicted RBP8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 P2RX3P56373 397 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 HFEQ30201 348 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ASB16Q96NS5 453 aa8.45□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 NCR3LG1Q68D85 454 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 VRK3Q8IV63 474 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TMEM123Q8N131 208 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ISL2Q96A47 359 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ZMAT5Q9UDW3 170 aaKnown RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 F5H697 171 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 K7EQS6 105 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 DCTN6O00399 190 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 FZD6O60353 706 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CGGBP1Q9UFW8 167 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 OR51B4Q9Y5P0 310 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TRAV17A0A0B4J275 112 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PRKRAO75569 313 aaKnown RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 G0S2P27469 103 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ZNF354AO60765 605 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 WDR1O75083 606 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 LCN15Q6UWW0 184 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 OR4S1Q8NGB4 309 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 RAB40CQ96S21 281 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CCDC187A0A096LP49 1063 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 B3GALNT1O75752 331 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 RBM45Q8IUH3 476 aaKnown RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PCED1AQ9H1Q7 454 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ZNF230Q9UIE0 474 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CXorf51AA0A1B0GTR3 108 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 MMP7P09237 267 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 HNRNPA3P51991 378 aaKnown RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 IL11RAQ14626 422 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 FCN2Q15485 313 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CALHM3Q86XJ0 350 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 SLC26A10Q8NG04 563 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ALKBH3Q96Q83 286 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ABLIM3O94929 683 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 DUSP2Q05923 314 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ZNF77Q15935 545 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ALKBH6Q3KRA9 238 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 SLC45A2Q9UMX9 530 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TAPBPO15533 448 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 MGMTP16455 207 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 FUT3P21217 361 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 UBE3DQ7Z6J8 389 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 DOCK1Q14185 1865 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 RNF212Q495C1 297 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 STUMQ69YW2 141 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 VASH2Q86V25 355 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 COMMD1Q8N668 190 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 SPACA9Q96E40 222 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 NRSN2Q9GZP1 204 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TUBAL3A6NHL2 446 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ARHGDIGQ99819 225 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa8.44□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ACKR1Q16570 336 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZPB1 254 aaPredicted RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TRILQ7L0X0 811 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 SPSB1Q96BD6 273 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 A0A1W2PNR3 127 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 OR2B8PP59922 312 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 EXOSC2Q13868 293 aaKnown RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 NANOGP1Q8N7R0 232 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 C16orf52Q8NHV5 167 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 SPPL3Q8TCT6 385 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 HGDQ93099 445 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 STAG3L2P0CL84 134 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CCR5P51681 352 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PDZK1IP1Q13113 114 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 LYG2Q86SG7 212 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TUSC5Q8IXB3 177 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 POMT2Q9UKY4 750 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 FGF2P09038 288 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 DHRS7BQ6IAN0 325 aaPredicted RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TIPARPQ7Z3E1 657 aaKnown RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 GPR78Q96P69 363 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ICMTO60725 284 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 GJB3O75712 270 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 HIST1H1CP16403 213 aaKnown RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PRR27Q6MZM9 219 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 TRMT61AQ96FX7 289 aaKnown RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 NKX6-2Q9C056 277 aaPredicted RBP8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 NPTNQ9Y639 398 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ZNF320A2RRD8 509 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 IL5P05113 134 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 ARNTP27540 789 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PRRX1P54821 245 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 OR52I2Q8NH67 350 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CLDN23Q96B33 292 aa8.43□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 MED30Q96HR3 178 aa8.43□□□□□ -1.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.5 ms