RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	CFAP45	Q9UL16	551 aa		7.38	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZKSCAN5	Q9Y2L8	839 aa		7.38	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		7.38	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZMYM6	O95789	1325 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ITGB4	P16144	1822 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472		M0R2C6	588 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	RGL2	O15211	777 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC192	P0DO97	292 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ITGA6	P23229	1130 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TERF1	P54274	439 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FGD1	P98174	961 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	SCRN1	Q12765	414 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	UBE3C	Q15386	1083 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PARP10	Q53GL7	1025 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	METTL24	Q5JXM2	366 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	RBM43	Q6ZSC3	357 aa	Known RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	LEO1	Q8WVC0	666 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	OSBP2	Q969R2	916 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FAM89A	Q96GI7	184 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA32	Q96LK8	384 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	7.37	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	NRAP	Q86VF7	1730 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472		H3BQV1	296 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	JAK2	O60674	1132 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CAVIN2	O95810	425 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TPM3	P06753	285 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ADORA1	P30542	326 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ADD2	P35612	726 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZAP70	P43403	619 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	STK3	Q13188	491 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	HLF	Q16534	295 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	MAP3K11	Q16584	847 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	IFFO2	Q5TF58	517 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	RNF214	Q8ND24	703 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		7.36	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CTAGE5	O15320	804 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	KDM4A	O75164	1064 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	OFD1	O75665	1012 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PDE8B	O95263	885 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CHGB	P05060	677 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TPM2	P07951	284 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FGFR2	P21802	821 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ALX1	Q15699	326 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	WASHC4	Q2M389	1173 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	NCOA7	Q8NI08	942 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FAM200A	Q8TCP9	573 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	LPIN2	Q92539	896 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	GREM2	Q9H772	168 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	USP25	Q9UHP3	1055 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		7.35	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	LAMB2	P55268	1798 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF213	O14771	459 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FOXP2	O15409	715 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	GPAA1	O43292	621 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CTDNEP1	O95476	244 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	SLC5A1	P13866	664 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	GPT	P24298	496 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	MCAM	P43121	646 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	APOBR	Q0VD83	1088 aa		7.34	□□□□□ -1.23

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