RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	OPALIN	Q96PE5	141 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ATF6B	Q99941	703 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SLC22A4	Q9H015	551 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PDP1	Q9P0J1	537 aa	Predicted RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TACC2	O95359	2948 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TOR1A	O14656	332 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SLC16A6	O15403	523 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	B3GALNT1	O75752	331 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	C1QB	P02746	253 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TF	P02787	698 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	RAC2	P15153	192 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SPN	P16150	400 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	RIN1	Q13671	783 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP21-3	Q3LHN1	58 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CHRFAM7A	Q494W8	412 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	LCN1P1	Q5VSP4	162 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SHF	Q7M4L6	423 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ZSCAN2	Q7Z7L9	614 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ZDHHC13	Q8IUH4	622 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	WDFY1	Q8IWB7	410 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	LINC00518	Q8N0U6	118 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	FTMT	Q8N4E7	242 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SLC26A10	Q8NG04	563 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	OR6K6	Q8NGW6	343 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	FGFBP3	Q8TAT2	258 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A40	Q8TBP6	338 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ZNF582	Q96NG8	517 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	FEV	Q99581	238 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	RBM4B	Q9BQ04	359 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	DCSTAMP	Q9H295	470 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TOR3A	Q9H497	397 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	DUSP21	Q9H596	190 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	EGLN3	Q9H6Z9	239 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TMEM160	Q9NX00	188 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SCN3B	Q9NY72	215 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PTTG3P	Q9NZH4	202 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ORC6	Q9Y5N6	252 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	IGLV1-36	A0A0B4J1U3	117 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1D-43	A0A0B4J1Z2	117 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	IGHV1-69-2	A0A0G2JMI3	117 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285		A0A0X1KG70	313 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TMEM129	A0AVI4	362 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	LRRC30	A6NM36	301 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PRR23D1	E9PI22	279 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	BHLHE40	O14503	412 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PPIH	O43447	177 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CLIC3	O95833	236 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PAH	P00439	452 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PRR23D2	P0DMB1	279 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PSKH1	P11801	424 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	OSM	P13725	252 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CPT2	P23786	658 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	POU1F1	P28069	291 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SLC6A9	P48067	706 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SRP9	P49458	86 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	GRB2	P62993	217 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB37	Q5TC79	503 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ZNF770	Q6IQ21	691 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SHQ1	Q6PI26	577 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PTCHD4	Q6ZW05	846 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	HIST2H2AB	Q8IUE6	130 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SNX29P2	Q8IUI4	249 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	OR6V1	Q8N148	313 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CIART	Q8N365	385 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PARP16	Q8N5Y8	322 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	OR13G1	Q8NGZ3	307 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	OTULIN	Q96BN8	352 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	MARS2	Q96GW9	593 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	FOXN4	Q96NZ1	517 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	COPS4	Q9BT78	406 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	OR2J1	Q9GZK6	312 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SHARPIN	Q9H0F6	387 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	GSX1	Q9H4S2	264 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CMC2	Q9NRP2	79 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	FAM118A	Q9NWS6	357 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	H2AFY2	Q9P0M6	372 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	FZR1	Q9UM11	496 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	LOC100509620	A0A075B734	347 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	KIR2DP1	A0A0G2JNF4	349 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	MEIOC	A2RUB1	952 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PRODH	O43272	600 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	INMT	O95050	263 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ADH4	P08319	380 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	SPARC	P09486	303 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	GAA	P10253	952 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	DBT	P11182	482 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	IRF2	P14316	349 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	KITLG	P21583	273 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	HSD11B1	P28845	292 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	CRYBB2	P43320	205 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	TNFAIP6	P98066	277 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	EMX1	Q04741	257 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ARMCX4	Q5H9R4	360 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	PXDC1	Q5TGL8	231 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	ZNF691	Q5VV52	312 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	DRAM2	Q6UX65	266 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP3-208	ENST00000558285	RHOU	Q7L0Q8	258 aa		7.41	□□□□□ -1.22

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